Soil Microbiology

• Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
• David Brown, Washington State University, Pullman, WA
• Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
• Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
• Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
• Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA

Folyamatban lévő kutatási projektek

A talajmikrobák jelentős mértékben hozzájárulnak a tápanyagkörforgáshoz és a nitrogén elérhetőségéhez a mezőgazdasági talajokban. Kutatásom arra összpontosít, hogy a növénytermesztési stratégiák hogyan hatnak az őshonos talajmikrobiális közösségekre, és milyen hatással vannak a termesztési rendszerek a nitrogén- és széndinamikára. E hatások megértése érdekében molekuláris technikákat alkalmazunk a mezőgazdasági talajok tápanyagkörforgásában fontos mikrobák, köztük baktériumok, gombák, archaea és fonálférgek számszerűsítésére és azonosítására. Elemezzük továbbá az egyes mikrobiális funkciókhoz, például a nitrogén-körforgáshoz szükséges gének gyakoriságában bekövetkezett változásokat. A funkcionális gének elemzésével, mint például az ammónia monooxigenázt kódoló gén, amely az ammónia nitritté történő átalakításának első lépését katalizálja, feltevéseket tehetünk arra vonatkozóan, hogy az olyan gazdálkodási stratégiák, mint a vetésforgó vagy a nitrogéntrágyázás hogyan hatnak a mikrobiális ammóniaoxidációra.

A molekuláris biológiai lehetőségek újak a USDA-ARS mikrobiológiai programjában Pendletonban, és jelenleg a következőkből állnak: DNS/RNS extrakció, gélelektroforézis, PCR (polimeráz láncreakció), kvantitatív PCR, T-RFLP (a mikrobiális diverzitás változásainak meghatározására, terminális restrikciós fragmenthosszúságú polimorfizmus), DNS szekvenálás és DNS/RNS mennyiségi meghatározás fluoreszcencia vagy Bioanalyzer segítségével.