A szelektív fakitermelés az a gyakorlat, amikor egy adott területről csak egy vagy két fafajt távolítanak el. Mint már említettük, a szelektív fakitermelés hatékonyabb módszer a tisztítóvágáshoz képest, de még mindig vannak negatív hatásai. Az amazóniai esőerdőben a szelektív fakitermelés az egy vagy két fafaj kis volumenű kitermeléséről olyan rendszerré vált, amely több fafajt is képes kitermelni és nyereséges maradni. Ez az egyik a sok földhasználat közül az Amazonas fejlődő határvidékein. Ennek az iparágnak a növekedése azonban nem függ össze a hatékony gazdálkodással és a jobb fakitermelési technikákkal. Bár az erdőgazdálkodásban számos előrelépés történt, mint például a csökkentett hatású fakitermelés (RIL), ezeket nem fogadták el széles körben. Számos oka van annak, hogy a káros szelektív fakitermelési technikákat előnyben részesítik a RIL-rel szemben: tisztázatlan tulajdonjogok, magas kormányzati tranzakciós költségek és az erdőgazdálkodási technikákkal kapcsolatos hozzáférhető információk hiánya. A RIL a fák regenerálódását is befolyásolja, mivel kisebb lombkorona rések keletkeznek, ami korlátozza a természetes fényt, amelyre a regenerálódó fáknak szükségük van a túléléshez.
A brazil Amazonas területén az erdők fakitermelésére vonatkozó engedély megszerzésének két módja a politikailag szabályozott erdőgazdálkodási tervek és az erdőirtás. Ezeken az engedélyeken keresztül 2000 és 2004 között közel 15 millió m3 fát jegyeztek fel, de 1998 és 2004 között több mint 24 millió köbmétert (850×106 köbméter). Ezekben az években a termelés nagy része illegális fakitermelésből származott. Az illegális fakitermelés a kormányzat adóveszteségéhez és a fakitermeléssel kapcsolatos ágazatok gyenge gazdasági fejlődéséhez vezet. Emellett az illegális fakitermelés az erdők elszegényedését, a biológiai sokféleség csökkenését és a tűzesetek valószínűségének növekedését eredményezi.
Az intenzitás, amellyel minden fakitermelési művelet kitermelése történik, közvetlen hatással van az ökológiai fejlődésre. Kezdetben a szelektív fakitermelés következtében csökken az erdők lombkoronaszintje, ami az erdő növekedésének, a hidrológiai folyamatoknak és a táplálékellátásnak a lassulásához vezet. Az erdőszerkezet megváltoztatásán kívül a szelektív fakitermelés megváltoztatja a szénkörforgást és más kulcsfontosságú biogeokémiai folyamatokat is, amelyek segítenek az erdő termelékenységének szabályozásában és fenntartásában. A szelektív fakitermelés hatásai három fő összetevőre bonthatók: a fakitermelési műveletek következtében bekövetkező talajkárok, a lombkorona-réshányad időbeli alakulása az egyes talajkár-kategóriákon belül, valamint a kivágott fákból eredő réshányad időbeli változásai. A lombkoronahézag-frakció több olyan méretfüggő biofizikai tulajdonság integrált hatása, amelyek információt nyújtanak a lombkorona szelektív fakitermelés utáni nyitottságáról. A talajkárokat leginkább az ösvények okozták, de a rönkpadok és az utak a teljes talajkár kis részét képezték. A különböző fakitermelési módszerek és technikák azonban eltérő talajkárosodási szinteket eredményeznek. A hasonló fakitermelési technikák ellenére a hagyományos fakitermelési módszerek több talajkárt okoznak, mint a csökkentett hatású fakitermelés.
A szelektív fakitermelés a brazil Amazonas számos földhasználati módja közül az egyik, de a fakitermelő utak sokaságának kialakításával az erdőkhöz való emberi hozzáférést is növeli. Ezek az utak megkönnyítik a fakitermelési helyszínek megközelítését, de a vadászok számára is könnyebbé teszik az erdőterületekre való bejutást, ami csökkenti az erdőn belüli biodiverzitást. Emellett a fakitermelés nagy valószínűséggel ezen utak környékén történik, mivel a könnyű hozzáférés nagyobb profitot tesz lehetővé. Ez nagy hézagokat és magas erdőirtási arányokat eredményez. Az erdőirtás valószínűsége elkerülhetetlenül nagyobb a rosszul kezelt, szelektív fakitermeléssel érintett erdőkben, mint azokban, ahol nincs ilyen. A lombkorona-nyílások növekedése degradációt és fokozott tűzérzékenységet eredményez. Az erdők felaprózódása szintén az erdő nagy hatású fakitermelésének eredménye. A fakitermelés hatásai a brazíliai Amazonasban az erdők feldarabolódását eredményezik, mivel új erdőterületeket termelnek ki vagy tisztítóvágás, vagy szelektív fakitermelés céljából.
A 2000-es évek elején az Amazonasban végzett szelektív fakitermelések közel fele illegális volt. Mivel a fakitermelési gyakorlatok nagy része szabályozatlan volt, a nagy károkat okozó kitermelési műveletek az erdőterületeket aszály- és tűzveszélyessé tették. A nemrégiben fakitermelt erdőkben a lombkoronahézag-frakciók a legmagasabbak a rönkfedőkben, azonban a rönkfedők kis felülete miatt az erdőhézag-frakcióra gyakorolt általános hatás elhanyagolható.