A Szudáni Köztársaság politikai rendszere az 1989. június 30-i katonai puccsot követően alakult át, amikor Omar al-Bashir, a szudáni hadsereg akkori dandártábornoka, egy tisztekből álló csoport élén leváltotta Sadiq al-Mahdi miniszterelnök kormányát. Al-Bashir vezetésével az új katonai kormány felfüggesztette a politikai pártokat, és nemzeti szinten iszlám jogi kódexet vezetett be. Ezután ő lett a Nemzeti Megmentés Forradalmi Parancsnoki Tanácsának elnöke (egy újonnan létrehozott testület, amely törvényhozói és végrehajtói hatáskörrel rendelkezett az átmeneti időszaknak nevezett időszakra), és átvette az államfői, a miniszterelnöki, a fegyveres erők főnöki és a védelmi miniszteri tisztségeket. A továbbiakban, miután Hassan al-Turabival együtt intézményesítette a saría törvényt az ország északi részén, al-Bashir tisztogatásokat és kivégzéseket rendelt el a hadsereg felsőbb soraiban, betiltotta az egyesületeket, politikai pártokat és független újságokat, valamint bebörtönözte a vezető politikai személyiségeket és újságírókat. 1993-ban Szudán iszlám totalitárius egypárti állammá alakult át, amikor al-Bashir megszüntette a Forradalmi Parancsnoki Tanácsot, és létrehozta a Nemzeti Iszlám Frontot (NIF) egy új parlamenttel és kormánnyal, amelyet kizárólag a NIF tagjai alkottak, és kikiáltotta magát Szudán elnökének. Ennek eredményeként a második szudáni polgárháború a Szudáni Népi Felszabadító Hadsereggel (SPLA) a következő években csak eszkalálódott.
Az országot 1983 és 1997 között északon öt, délen pedig három régióra osztották, amelyek élén egy-egy katonai kormányzó állt. Az 1989-es katonai puccs után a regionális közgyűléseket felfüggesztették. Miután a Nemzeti Megmentés Forradalmi Parancsnoki Tanácsát 1993-ban eltörölték, és a kormányzó Nemzeti Iszlám Front (NIF) megalakította a Nemzeti Kongresszus Pártot (NCP), az új pártnak néhány nem muszlim tagja is volt, főként dél-szudáni politikusok, akik közül néhányan miniszterek vagy államkormányzók lettek.
1997-ben a regionális közigazgatás szerkezetét huszonhat állam létrehozása váltotta fel. A vezetőket, a kabineteket és a magas rangú állami tisztviselőket az elnök nevezi ki, korlátozott költségvetésüket pedig Khartum határozza meg és osztja ki. Az államok ennek következtében gazdaságilag továbbra is a központi kormánytól függenek. A fővárost és a peremkerületeket magában foglaló Kartúm államot egy kormányzó igazgatja.
Az Omar al-Bashir kormánya és a Szudáni Népi Felszabadítási Mozgalom/Katonaság (SPLM/A) között 2005-ben aláírt átfogó békemegállapodás (CPA) aláírását követően az ideiglenes alkotmánnyal összhangban Szudánban Nemzeti Egységkormányt hoztak létre, amelyben az észak-szudáni alelnök mellett egy, a délvidéket képviselő társ-alelnöki pozíciót is létrehoztak. Ez lehetővé tette, hogy észak és dél egyenlően ossza fel az olajlelőhelyeket, ugyanakkor mind az északi, mind a déli hadsereg a helyén maradt.
A dárfúri békemegállapodást követően az elnöki főtanácsadói tisztséget, a negyedik legmagasabb alkotmányos tisztséget Minni Minnawi, a dárfúri Szudáni Felszabadítási Hadsereg (SLA) zaghawája kapta. A végrehajtó tisztségeket a Nemzeti Kongresszus Párt (NCP), a Szudáni Népi Felszabadítási Mozgalom/Armia (SPLM/A), a Keleti Front, valamint az Umma Párt és a Demokratikus Unionista Párt (DUP) frakciói között osztották fel. Az SPLM/A-val kötött békemegállapodás hat évre autonómiát biztosított Dél-Szudánnak, amelyet 2011-ben népszavazás követett volna a függetlenségről. Az új, 2005-ös alkotmány szerint a kétkamarás nemzeti törvényhozás a hivatalos szudáni parlament, amely két kamara között oszlik meg: a 450 fős alsóház, a Nemzetgyűlés, és az 50 fős felsőház, az Államtanács. Így a parlament összesen 500 kinevezett tagból áll, akiket közvetve az állami törvényhozások választanak meg hatéves ciklusra.
A nemzetközi elfogatóparancs ellenére Omar al-Bashirt újraválasztották a 2010-es szudáni elnökválasztáson, amely kilenc év óta az első demokratikus választás volt, amelyen több politikai párt is részt vett. Politikai riválisa Salva Kiir Mayardit alelnök, az SPLA jelenlegi vezetője volt.
1999 decemberében hatalmi harc csúcsosodott ki Omar al-Bashir elnök és Hassan al-Turabi, a NIF alapítója, iszlamista ideológus és a parlament elnöke között. Al-Turabit megfosztották kormánypárti és kormányzati tisztségeitől, a parlamentet feloszlatták, az alkotmányt felfüggesztették, és elnöki rendelettel nemzeti szükségállapotot hirdettek. A parlament 2001 februárjában, a 2000. decemberi elnök- és parlamenti választásokat követően újra összeült, de a nemzeti szükségállapotról szóló törvények továbbra is hatályban maradtak. Nagyjából ugyanebben az időben jelent meg a Fekete könyv, egy disszidens nyugatiak által írt kézirat, amely részletesen bemutatja az északi népek uralmát. Al-Turabit 2001 februárjában letartóztatták, és azzal vádolták, hogy veszélyezteti a nemzetbiztonságot és az alkotmányos rendet, mert egyetértési nyilatkozatot írt alá az SPLM/A-val. A 2005-ös szabadulásáig szigorúan őrzött börtönben raboskodott.
A második szudáni polgárháborút lezáró megállapodás részeként az SPLM/A kilenc tagja és a kormány 16 tagja 2005. szeptember 22-én miniszteri esküt tett, megalakítva ezzel a háború utáni első nemzeti egységkormányt. A beiktatás késett a különböző tárcák elosztásáról szóló viták és John Garang alelnök halála miatt. A Nemzeti Kongresszus Párt megtartotta az irányítást a kulcsfontosságú energiaügyi, védelmi, belügyi és pénzügyi posztok felett, míg egy SPLM által kinevezett személy lett a külügyminiszter. Salva Kiir alelnök a hírek szerint visszalépett abban a vitában, hogy ki kapja meg az irányítást a létfontosságú Energia- és Bányászati Minisztérium felett, amely a szudáni olajmezők kitermelését kezeli.
2019. április 11-én al-Bashirt és kormányát katonai puccsal buktatták meg, amelyet első alelnöke és védelmi minisztere vezetett, majd létrehozták a most kormányzó katonai juntát. Másnap Auf átadta a hatalmat Abdel Fattah Abdelrahman Burhan altábornagynak.