A bányászat, legeltetés és fakitermelés miatti túlhalászás és élőhelyük pusztulása miatt csökkent az elterjedési területük, a populáció sűrűsége pedig a nem őshonos patak-, barna- és szivárványos pisztrángokkal való verseny miatt csökkent a 19. század végén és a 20. század elején történt betelepítésük óta. Az alfajra jelenleg a legsúlyosabb veszélyt azonban a betelepített szivárványos pisztránggal való kereszteződés jelenti (ami a nagy Yellowstone-i ökoszisztémában a vágott pisztrángot eredményezi), a Yellowstone Nemzeti Park Yellowstone és Heart tavaiban élő tavi pisztrángok jelenléte, amelyek a 15 hüvelyk hosszúságú vágott pisztrángot zsákmányolják, valamint a főbb ívó mellékfolyókban többször előforduló örvénylő betegség.
Bár a tópisztrángok a Snake River vízgyűjtőjén lévő Shoshone és Lewis tavakban megtelepedtek az U.U. S. kormány 1890-ben végzett telepítési műveleteiből, hivatalosan soha nem telepítették be őket a Yellowstone folyó vízgyűjtőjébe, és ottani jelenlétük valószínűleg véletlen vagy illegális betelepítések eredménye.
A Yellowstone térségében az időnkénti szárazság miatt több ívó mellékfolyó nyár végén kiszárad, ami megakadályozza, hogy a vágópisztráng ivadékok a Yellowstone-tóba vándoroljanak, és könnyű prédává teszi őket a ragadozók, például a sirályok és a pelikánok számára. Ezek a veszélyek jelentősen csökkentették a Yellowstone-tó és a Yellowstone folyó szomszédos részeinek vágómedve-populációit. Jelenleg a Yellowstone folyó Grand és Black Canyonjaiban, valamint a Yellowstone Parkban található Yellowstone fő mellékfolyójában, a Lamar folyóban és mellékfolyóiban találhatók a legerősebb vágómedvepopulációk. A környezetvédők még 2004-ben tettek kísérletet arra, hogy a U.S. Fish and Wildlife Service felvegye az alfajt a veszélyeztetett fajok listájára, de a hivatal nem hagyta jóvá, arra hivatkozva, hogy már jelentős erőfeszítések folynak az alfaj fennmaradásának biztosítására. A Yellowstone Nemzeti Park területén kifogott összes Yellowstone vágott pisztrángot vissza kell engedni. A nemzeti parkon kívüli populációkra a patak vagy vízfolyás elhelyezkedésétől függően eltérő szabályozás vonatkozik.