Personal asociat:
- Kate Reardon, cercetător microbiolog
- Katherine Son, tehnician în științe fizice
- Vacant, cercetător asociat, microbiolog (soluri)
- Vacant, tehnician de laborator
- ȘtiințificiARS-SWCR
Colaboratori:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Proiecte de cercetare în curs
Microbii din sol contribuie în mod semnificativ la ciclul nutrienților și la disponibilitatea azotului în solurile agricole. Cercetările mele se concentrează pe modul în care strategiile de gestionare a culturilor au un impact asupra comunităților microbiene native din sol și pe influența pe care o au sistemele de cultivare asupra dinamicii azotului și carbonului. În efortul de a înțelege aceste efecte, utilizăm tehnici moleculare pentru a cuantifica și a identifica microbii, inclusiv bacteriile, ciupercile, archaea și nematodele importante în ciclul nutrienților din solurile agricole. De asemenea, analizăm modificările în abundența genelor necesare pentru anumite funcții microbiene, cum ar fi ciclul azotului. Analizând genele funcționale, cum ar fi gena care codifică monooxigenaza amoniacului, care catalizează prima etapă a conversiei amoniacului în nitriți, putem formula ipoteze privind modul în care strategiile de gestionare, cum ar fi rotația culturilor sau fertilizarea cu azot, influențează oxidarea microbiană a amoniacului.
Capacitățile de biologie moleculară sunt noi pentru programul de microbiologie USDA-ARS de la Pendleton și includ în prezent extracția de ADN/ARN, electroforeza pe gel, PCR (reacția în lanț a polimerazei), PCR cantitativă, T-RFLP (pentru determinarea schimbărilor în diversitatea microbiană, polimorfismul terminal al lungimii fragmentelor de restricție), secvențierea ADN și cuantificarea ADN/ARN folosind fluorescența sau un Bioanalizator.
.