Regimul lor de răspândire a fost redus de pescuitul excesiv și de distrugerea habitatului din cauza exploatării miniere, pășunatului și exploatării forestiere, iar densitatea populației a fost redusă de concurența cu păstrăvul de râu, păstrăvul brun și păstrăvul curcubeu, care nu sunt nativi, de când aceștia au fost introduși la sfârșitul secolului al XIX-lea și începutul secolului al XX-lea. Cu toate acestea, cele mai grave amenințări actuale la adresa subspeciei sunt reprezentate de încrucișarea cu păstrăvul curcubeu introdus (rezultând păstrăvi curcubeu) în ecosistemul Greater Yellowstone, de prezența păstrăvului de lac în lacurile Yellowstone și Heart din Parcul Național Yellowstone, care pradă păstrăvul cutthroat cu o lungime de până la 15 inci, și de mai multe focare de boala vârtejului în afluenții principali de reproducere.
Deși păstrăvul de lac a fost stabilit în lacurile Shoshone și Lewis din drenajul râului Snake River din U.S.U.A. în 1890, aceștia nu au fost niciodată introduși oficial în bazinul hidrografic al râului Yellowstone, iar prezența lor acolo este probabil rezultatul unor introduceri accidentale sau ilegale.
Seceta ocazională din zona Yellowstone face ca mai mulți afluenți de reproducere să fie secați la sfârșitul verii, împiedicând astfel ca puii de cutthroat să migreze spre lacul Yellowstone și făcându-i o pradă ușoară pentru prădători, cum ar fi pescărușii și pelicanii. Aceste amenințări au redus în mod semnificativ populațiile de cutthroat în lacul Yellowstone și în părțile adiacente ale râului Yellowstone. În prezent, cele mai puternice populații de cutthroat se găsesc în canioanele Grand și Black Canyons ale râului Yellowstone și în principalul afluent al Yellowstone din Parcul Yellowstone, râul Lamar și afluenții săi. Încercările, încă din 2004, ale ecologiștilor de a determina U.S. Fish and Wildlife Service să înscrie subspecia pe lista speciilor pe cale de dispariție nu au fost aprobate de agenție, citând dovezi că sunt deja în curs de desfășurare eforturi majore pentru a asigura existența în continuare a acestei subspecii. Toți păstrăvii Yellowstone cutthroat capturați în Parcul Național Yellowstone trebuie să fie eliberați. Populațiile din afara parcului național sunt supuse unor reglementări diferite, în funcție de locația pârâului sau a cursului de apă.