Gen małej podjednostki (SSU) 18S rRNA jest jednym z najczęściej wykorzystywanych genów w badaniach filogenetycznych i ważnym markerem dla reakcji łańcuchowej polimerazy z losowym celem (PCR) w badaniach bioróżnorodności środowiska. Ogólnie rzecz biorąc, sekwencje genu rRNA są łatwo dostępne dzięki wysoce konserwatywnym regionom flankującym, pozwalającym na użycie uniwersalnych starterów. Ich powtarzalny układ w genomie dostarcza nadmiernej ilości szablonowego DNA do PCR, nawet u najmniejszych organizmów. Gen 18S jest częścią funkcjonalnego rdzenia rybosomalnego i jest narażony na podobne siły selektywne u wszystkich istot żywych. Dlatego też, kiedy opublikowano pierwsze zakrojone na szeroką skalę badania filogenetyczne oparte na sekwencjach 18S (np. Field i in., 1988), gen ten był uznawany za głównego kandydata do rekonstrukcji drzewa życia metazoanów. Sekwencje 18S dostarczyły później dowodów na podział kladów Ecdysozoa i Lophotrochozoa (monofiletyczna grupa organizmów składająca się ze wspólnego przodka i wszystkich jego liniowych potomków), przyczyniając się w ten sposób do ostatniej rewolucyjnej zmiany w naszym rozumieniu relacji metazoan.
W drugiej części lat 2000, wraz ze wzrostem liczby taksonów włączonych do filogenez molekularnych, ujawniły się jednak dwa problemy. Po pierwsze, istnieją dominujące przeszkody w sekwencjonowaniu u przedstawicieli niektórych taksonów, takich jak klasy mięczaków Solenogastres i Tryblidia, wybrane taksony małży oraz enigmatyczna klasa skorupiaków Remipedia. Niepowodzenie w uzyskaniu sekwencji 18S pojedynczych taksonów jest uważane za zjawisko powszechne, ale rzadko opisywane. Po drugie, w przeciwieństwie do początkowo dużych nadziei, 18S nie jest w stanie rozwiązać węzłów na wszystkich poziomach taksonomicznych, a jego skuteczność różni się znacznie wśród kladów. Zostało to omówione jako efekt szybkiej starożytnej radiacji w krótkim czasie. Obecnie uważa się, że analizy wielogenowe dają bardziej wiarygodne wyniki w śledzeniu głębokich rozgałęzień w Metazoa, ale 18S jest nadal szeroko wykorzystywany w analizach filogenetycznych.