Kiełkowanie hipogealne oznacza, że liścienie pozostają pod ziemią. Epikotyl (część łodygi nad liścieniem) rośnie, podczas gdy hipokotyl (część łodygi poniżej liścienia) pozostaje tej samej długości. W ten sposób epikotyl wypycha plumule ponad ziemię.
Normalnie liścień jest mięsisty i zawiera wiele składników odżywczych, które są wykorzystywane do kiełkowania.
Ponieważ liścień pozostaje pod ziemią, jest znacznie mniej podatny na np. nocne przymrozki lub wypas. Strategia ewolucyjna polega na tym, że roślina produkuje stosunkowo niewielką liczbę nasion, ale każde z nich ma większą szansę na przeżycie.
Rośliny, które wykazują kiełkowanie hypogealne, potrzebują stosunkowo niewiele zewnętrznych składników odżywczych do wzrostu, dlatego częściej występują na glebach ubogich w składniki odżywcze. Rośliny te potrzebują również mniej światła słonecznego, dlatego częściej można je spotkać w środku lasów, gdzie istnieje duża konkurencja w dostępie do światła słonecznego.
Rośliny, które wykazują kiełkowanie hypogealne rosną stosunkowo wolno, zwłaszcza w pierwszej fazie. Na terenach, które są regularnie zalewane, potrzebują więcej czasu pomiędzy zalaniami, aby się rozwinąć. Z drugiej strony, są bardziej odporne w przypadku powodzi. Po wolniejszej pierwszej fazie roślina rozwija się szybciej niż rośliny, które wykazują kiełkowanie epigeiczne.
Możliwe jest, że w obrębie tego samego rodzaju jeden gatunek wykazuje kiełkowanie hypogeiczne, podczas gdy inny gatunek wykazuje kiełkowanie epigeiczne. Niektóre rodzaje, w których to się zdarza to:
- Phaseolus: fasola wielokwiatowa (Phaseolus coccineus) wykazuje kiełkowanie hypogealne, podczas gdy fasola zwyczajna (Phaseolus vulgaris) wykazuje kiełkowanie epigealne
- Lilium: patrz typy kiełkowania nasion lilii
- Araucaria: gatunki z sekcji Araucaria wykazują kiełkowanie hypogealne, podczas gdy gatunki z sekcji Eutacta wykazują kiełkowanie epigealne
.