System polityczny Republiki Sudanu został zrestrukturyzowany po wojskowym zamachu stanu w dniu 30 czerwca 1989 r., kiedy to Omar al-Bashir, wówczas brygadier w armii sudańskiej, stanął na czele grupy oficerów i obalił rząd premiera Sadiqa al-Mahdiego. Pod przywództwem al-Bashira nowy rząd wojskowy zawiesił działalność partii politycznych i wprowadził islamski kodeks prawny na szczeblu krajowym. Następnie został przewodniczącym Rady Dowództwa Rewolucyjnego na rzecz Ocalenia Narodowego (nowo utworzonego organu z władzą ustawodawczą i wykonawczą na okres przejściowy) i objął stanowiska szefa państwa, premiera, dowódcy sił zbrojnych i ministra obrony. Następnie, po ustanowieniu wraz z Hassanem al-Turabim prawa szariatu w północnej części kraju, al-Bashir przeprowadził czystki i egzekucje w wyższych stopniach armii, zakazał działalności stowarzyszeń, partii politycznych i niezależnych gazet oraz uwięził czołowych polityków i dziennikarzy. W 1993 r. Sudan przekształcił się w islamskie państwo totalitarne o charakterze jednopartyjnym, ponieważ al-Bashir zlikwidował Radę Dowództwa Rewolucyjnego i utworzył Narodowy Front Islamski (NIF) z nowym parlamentem i rządem złożonym wyłącznie z członków NIF, a także ogłosił się prezydentem Sudanu. W rezultacie druga sudańska wojna domowa z Ludową Armią Wyzwolenia Sudanu (SPLA) nasiliła się w kolejnych latach.
Od 1983 do 1997 r. kraj był podzielony na pięć regionów na północy i trzy na południu, a na czele każdego z nich stał gubernator wojskowy. Po przewrocie wojskowym w 1989 roku, zgromadzenia regionalne zostały zawieszone. Z Revolutionary Command Council for National Salvation zniesiony w 1993 roku i rządzący Narodowy Front Islamski (NIF) tworząc Partię Kongresu Narodowego (NCP), nowa partia zawierała niektórych niemuzułmańskich członków, głównie południowosudańskich polityków, z których niektórzy zostali mianowani ministrami lub gubernatorami stanu.
W 1997 roku struktura administracji regionalnej została zastąpiona przez utworzenie dwudziestu sześciu stanów. Władze wykonawcze, gabinety i urzędnicy państwowi wyższego szczebla są mianowani przez prezydenta, a ich ograniczone budżety są określane i wydawane z Chartumu. W rezultacie stany pozostają ekonomicznie zależne od rządu centralnego. Khartoum state, comprising the capital and outlying districts, is administered by a governor.
Following the signing of the Comprehensive Peace Agreement (CPA) in 2005 between the government of Omar al-Bashir and the Sudan People’s Liberation Movement/Army (SPLM/A), a Government of National Unity was installed in Sudan in accordance with the Interim Constitution whereby a co-Vice President position representing the south was created in addition to the northern Sudanese Vice President. Umożliwiło to północy i południu równy podział złóż ropy naftowej, ale także pozostawiło na miejscu armie północne i południowe.
W następstwie porozumienia pokojowego w sprawie Darfuru urząd starszego doradcy prezydenckiego, czwarte najwyższe stanowisko konstytucyjne, przyznano Minni Minnawi, Zaghawie z Armii Wyzwolenia Sudanu (SLA) z siedzibą w Darfurze. Stanowiska wykonawcze zostały podzielone między Partię Kongresu Narodowego (NCP), Ludowy Ruch/Armię Wyzwolenia Sudanu (SPLM/A), Front Wschodni oraz frakcje Partii Umma i Demokratycznej Partii Unionistycznej (DUP). Porozumienie pokojowe z SPLM/A przyznało Sudanowi Południowemu autonomię na okres sześciu lat, po czym w 2011 r. miało odbyć się referendum w sprawie niepodległości. Zgodnie z nową konstytucją z 2005 r. dwuizbowa Legislatura Narodowa jest oficjalnym parlamentem Sudanu i jest podzielona na dwie izby: Zgromadzenie Narodowe, izbę niższą liczącą 450 miejsc, oraz Radę Państw, izbę wyższą liczącą 50 miejsc. Tak więc parlament składa się z 500 mianowanych członków, gdzie wszyscy są pośrednio wybierani przez legislatury stanowe na sześcioletnie kadencje.
Mimo międzynarodowego nakazu aresztowania, Omar al-Bashir został ponownie wybrany w wyborach prezydenckich w Sudanie w 2010 roku, pierwszych demokratycznych wyborach z udziałem wielu partii politycznych od dziewięciu lat. Jego rywalem politycznym był wiceprezydent Salva Kiir Mayardit, obecny przywódca SPLA.
W grudniu 1999 r. doszło do kulminacji walki o władzę między prezydentem Omarem al-Bashirem a Hassanem al-Turabim, założycielem NIF, ideologiem islamskim i przewodniczącym parlamentu. Al-Turabi został pozbawiony stanowisk w partii rządzącej i rządzie, parlament został rozwiązany, konstytucja zawieszona, a na mocy dekretu prezydenckiego ogłoszono stan wyjątkowy. Parlament wznowił działalność w lutym 2001 r. po wyborach prezydenckich i parlamentarnych w grudniu 2000 r., ale ustawy o stanie wyjątkowym nadal obowiązują. Mniej więcej w tym samym czasie opublikowano Czarną Księgę, rękopis dysydentów z Zachodu opisujący szczegółowo dominację ludów północnych. Al-Turabi został aresztowany w lutym 2001 r. i oskarżony o zagrażanie bezpieczeństwu narodowemu i porządkowi konstytucyjnemu za podpisanie protokołu ustaleń z SPLM/A. Został umieszczony w więzieniu o zaostrzonym rygorze. Został umieszczony w więzieniu o zaostrzonym rygorze do czasu uwolnienia w 2005 r.
Jako część porozumienia kończącego drugą sudańską wojnę domową, dziewięciu członków SPLM/A i 16 członków rządu zostało zaprzysiężonych jako ministrowie 22 września 2005 r., tworząc pierwszy powojenny rząd jedności narodowej. Inauguracja opóźniła się z powodu sporów o to, kto otrzyma poszczególne teki, a także w wyniku śmierci wiceprezydenta Johna Garanga. Partia Kongresu Narodowego utrzymała kontrolę nad kluczowymi stanowiskami w dziedzinie energetyki, obrony, spraw wewnętrznych i finansów, a mianowany przez SPLM człowiek został ministrem spraw zagranicznych. Wiceprezydent Salva Kiir podobno wycofał się w sporze o to, kto będzie miał kontrolę nad istotnym Ministerstwem Energii i Górnictwa, które obsługuje wydobycie z pól naftowych Sudanu.
11 kwietnia 2019 roku al-Bashir i jego rząd zostały obalone w wojskowym zamachu stanu kierowanym przez jego pierwszego wiceprezydenta i ministra obrony, który następnie ustanowił obecnie rządzącą juntę wojskową. Następnego dnia Auf przekazał władzę generałowi broni Abdelowi Fattahowi Abdelrahmanowi Burhanowi.
.