Ich zasięg został zmniejszony przez przełowienie i zniszczenie siedlisk spowodowane górnictwem, wypasem i wyrębem, a gęstość populacji została zmniejszona przez konkurencję z nierodzimymi pstrągami potokowymi, brunatnymi i tęczowymi, ponieważ zostały one wprowadzone pod koniec XIX i na początku XX wieku. Jednak najpoważniejszymi zagrożeniami dla podgatunku są krzyżowanie z wprowadzonym pstrągiem tęczowym (w wyniku czego powstają krowy) w ekosystemie Greater Yellowstone, obecność pstrąga jeziorowego w jeziorach Yellowstone i Heart w Parku Narodowym Yellowstone, który żeruje na pstrągach gardłowych do 15 cali długości, oraz kilka ognisk choroby wirowej w głównych dopływach tarłowych.
Although lake trout were established in Shoshone and Lewis lakes in the Snake River drainage from U.S. rządowych operacji zarybiania w 1890 roku, nigdy nie zostały oficjalnie wprowadzone do zlewni rzeki Yellowstone i ich obecność tam jest prawdopodobnie wynikiem przypadkowego lub nielegalnego wprowadzenia.
Okresowe susze w obszarze Yellowstone powodują, że kilka dopływów tarłowych wysycha późnym latem, uniemożliwiając narybkowi gardła migrację do jeziora Yellowstone i czyniąc go łatwym łupem dla drapieżników, takich jak mewy i pelikany. Zagrożenia te znacznie zmniejszyły populacje gardła w jeziorze Yellowstone i przyległych odcinkach rzeki Yellowstone. Obecnie najsilniejsze populacje gardłosza można znaleźć w Wielkim i Czarnym Kanionie rzeki Yellowstone oraz w głównym dopływie rzeki Yellowstone w Parku Yellowstone, rzece Lamar i jej dopływach. Próby tak niedawno jak 2004 przez ekologów, aby U.S. Fish and Wildlife Service umieścić podgatunek na liście gatunków zagrożonych nie zostały zatwierdzone przez agencję, powołując się na dowody, że główne wysiłki są już w toku, aby zapewnić dalsze istnienie tego podgatunku. Wszystkie pstrągi potokowe Yellowstone złowione na terenie Parku Narodowego Yellowstone muszą zostać wypuszczone. Populacje poza parkiem narodowym podlegają różnym przepisom w zależności od lokalizacji strumienia lub drogi wodnej.
.