Przypadek 1
Pacjent z rakiem przełyku, u którego rozpoznano S. haliotis pulmonary inflammation.
A 68-letni mężczyzna został przyjęty do szpitala ludowego miasta Liaocheng, Chiny, w dniu 24 lipca 2016 roku, z powodu „hematemesis przez 4 godziny”. Od ponad 2 lat był diagnozowany z powodu operacji raka przełyku. W badaniu fizykalnym stwierdzono temperaturę ciała 36,3°C, tętno 92 uderzeń/min, oddech 22 razy/min i ciśnienie krwi 135/80 mmHg. Niewyczuwalne powiększenie obustronnych węzłów chłonnych szyjnych i nadobojczykowych, tchawica pośrodku, symetria piersiowa, widoczne blizny na prawej klatce piersiowej, wyraźny odgłos perkusyjny na podwójnym płucu, osłuchowo szorstki odgłos oddechowy, brak suchych i mokrych rzężeń, rytm miarowy, perkusja bez bolesności okolicy nerek, ujemny odgłos przesuwania się tępa i odgłosów jelitowych 3 razy/min. Przyjęto go z rozpoznaniem raka przełyku po operacji i nadciśnienia tętniczego. Przy przyjęciu wykonano badania pomocnicze w celu ustalenia źródła hematemesis. Wykonano bezbolesną gastroskopię, w której nie stwierdzono ewidentnych nieprawidłowości. W bezbolesnym badaniu bronchoskopowym stwierdzono krwotok w tylnym segmencie podstawnym lewego płata dolnego. Patologia szczoteczkowa nie wykazała ewidentnych komórek nowotworowych. Tomografia komputerowa klatki piersiowej i jamy brzusznej wykazała, że chory przebył operację przełyku, miał zapalenie oskrzeli i rozedmę płuc, guzki w płacie środkowym płuca prawego, zmiany śródmiąższowe w płacie górnym prawym i dolnym lewym oraz zapalenie płata dolnego płuca lewego. Podano mu leki (3 g cefoperazonu/sulbaktamu dwa razy dziennie przez 6 dni) oraz zastosowano terapię przeciwnowotworową, przeciwzapalną, nawadniającą i hemostazę. Po sześciu dniach leczenia uzyskano poprawę i wypisano pacjenta ze szpitala.
Płyn z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego (BALF) został pobrany w czasie bezbolesnego badania bronchoskopowego, a liczba komórek wynosiła ponad 104 jtk/ml. Próbkę posiano na podłoże agarowe z krwią w celu wykonania posiewu bakteryjnego. Szczepy o różnych cechach fenotypowych na płytkach krwi były izolowane i identyfikowane jako S. algae, Escherichia coli i Klebsiella pneumoniae za pomocą systemu VITEK 2 z wykorzystaniem karty ID-GN (boiMérieux). Ponieważ tylko dwa gatunki Shewanella, S. putrefaciens i S. algae, były zarejestrowane w bazie danych systemu VITEK 2, sekwencję genu 16S rRNA amplifikowano metodą PCR opisaną wcześniej. Produkt PCR poddano sekwencjonowaniu, a sekwencja nukleotydowa została zdeponowana w GenBank, pod numerem akcesyjnym MF589233. Analiza BLAST sekwencji genu 16S rRNA w GenBank wykazała 99,0% podobieństwo z typem szczepu S. haliotis DW01 (numer akcesyjny NR_117770.1). Dalsza analiza filogenetyczna z wszystkimi sekwencjami typu gatunku Shewanella dostępnymi w bazie GenBank, potwierdziła, że szczep został zidentyfikowany jako gatunek S. haliotis (LC2016-1 na Rys. 1).
Drzewo filogenetyczne skonstruowane metodą sąsiedztwa-łączenia w oparciu o sekwencje nukleotydowe genu 16S rRNA. Drzewo filogenetyczne zostało skonstruowane na podstawie alignmentu 1427 nt i uwzględniało wszystkie znane szczepy typu Shewanella. Liczby przy węzłach oznaczają wartości bootstrapowe (procent z 1000 replikacji). Słupek, 10 substytucji na pozycję nukleotydową. Pogrubioną czcionką zaznaczono szczepy z przypadku I i II. W nawiasach podano numery akcesji GenBank sekwencji genu 16S rRNA. Czarny trójkąt obejmował pięćdziesiąt cztery gatunki Shewanella. Nazwy gatunków i numery akcesyjne GenBank sekwencji genów 16S rRNA podano w Dodatkowym pliku 1: Tabela S1
Aby dodatkowo potwierdzić skład i bogactwo społeczności bakteryjnej w BALF, próbkę poddano sekwencjonowaniu amplikonowemu 16S rRNA. Wynik wskazał, że skład społeczności bakteryjnej obejmował rodzaje Shewanella (88,34%), Escherichia (11,11%) i Streptococcus (0,38%) i inne, podczas gdy większość rodzaju stanowiła Shewanella.
Test wrażliwości na antybiotyki przeprowadzono metodą mikrorozcieńczeń na bulionie Mueller-Hinton. Szczep był wrażliwy na piperacylinę/tazobaktam (minimalne stężenie hamujące, MIC: 8 μg/ml), ceftazydym (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacynę (2 μg/ml), gentamycynę (1 μg/ml), imipenem (4 μg/ml), meropenem (4 μg/ml), natomiast był oporny na ciprofloksacynę (8 μg/ml) i lewofloksacynę (8 μg/ml).
Przypadek 2
Pacjent z rakiem żołądka, u którego rozpoznano bakteriemię wywołaną przez S. algae.
56-letni mężczyzna został przyjęty do szpitala ludowego miasta Liaocheng, Chiny, w dniu 6 października 2016 r., z powodu „dyskomfortu związanego z bólem w górnej części brzucha przez 1 miesiąc”. Jego przyjęte badanie fizykalne obejmowało temperaturę ciała 36,1 stopni, tętno 72 uderzeń/min, oddychanie 18 razy/min i ciśnienie krwi 140/90 mmHg. Stwierdzono niewyczuwalne powiększenie obustronnych węzłów chłonnych szyjnych i nadobojczykowych, brzuch płaski, bez fal żołądkowo-jelitowych i perystaltycznych. Odnotowano miękkie mięśnie brzucha, łagodną tkliwość w nadbrzuszu, bez ewidentnego bólu z odbicia. Wątroba i śledziona nie stykały się pod żebrem, nie stwierdzono wyczuwalnej palpacyjnie masy. Nie stwierdzono tępoty przesuwania, prawidłowe dźwięki jelit i brak nieprawidłowości w badaniu per rectum. Badanie gastroskopowe wykazało widoczne zmiany wrzodowe w obrębie serca obejmujące dno i trzon żołądka. Wynik badania patologicznego wskazywał na gruczolakoraka. Jego rozpoznaniami przy przyjęciu były rak żołądka i nadciśnienie tętnicze.
Przy przyjęciu, badania pomocnicze przeprowadzono 9 października 2016 roku. Laparoskopia wskazała, że był w późnym stadium nowotworów bez radykalnej resekcji. Następnie otrzymał chemioterapię dożylną i dootrzewnową, po której nastąpiła ciężka supresja szpiku kostnego z obniżeniem liczby krwinek i płytek krwi znacznie poniżej normy. Zastosowano u niego dalsze leczenie przeciwzakażeniowe, wspomaganie żywieniowe, nawodnienie, stymulację granulopoezy oraz leczenie objawowe. W dniu 26 października 2016 r. u pacjenta wystąpiła duszność, przyspieszenie akcji serca i inne objawy z szmerem oddechowym w płucach szorstkim i bez rzężeń, kończyny zimne. Rozpatrywano u niego istnienie wstrząsu septycznego. Podano mu nieinwazyjną wentylację mechaniczną i ekspansję płynów, koloidy, preparaty do przetaczania krwi, antyinfekcyjne (1 g imipenemu podawano co 8 h przez 7 dni), podtrzymujące krążenie, tłumienie kwasów, ochronę wątroby, wsparcie żywieniowe, utrzymanie równowagi wodno-elektrolitowej kwasowo-zasadowej, monitorowanie ciśnienia tętniczego krwi, tętna, czynności oddechowej, objętości godzinowej moczu i krwawienia. Pacjent miał ciężką infekcję, a także obecność zespołu dysfunkcji wielonarządowej (oddechowej, krążenia, przewodu pokarmowego, krwi i nerek). Pacjent i członkowie jego rodziny wymagali automatycznego wypisu do hospicjum. Jego diagnozy wypisowe to zespół dysfunkcji wielonarządowej (oddechowej, krążeniowej, żołądkowo-jelitowej, krwi i nerek), rak żołądka i nadciśnienie.
Po wystąpieniu wstrząsu septycznego pobrano próbki krwi na posiew w celu oddzielenia bakterii. Wzrost drobnoustrojów wykryto zarówno w butelkach beztlenowych, jak i tlenowych, a dodatni czas doniesienia wynosił odpowiednio 8,1 i 11,9 h. W obu butelkach uzyskano jednorodną Gram-ujemną pałeczkę. Po 24 h inkubacji na agarze z krwią wyrosły hemolityczne, oksydazododatnie, żółte kolonie. Szczep zidentyfikowano jako S. putrefaciens za pomocą systemu VITEK 2 przy użyciu karty ID-GN (boiMérieux). Sekwencja genu 16S rRNA szczepu została zdeponowana w GenBank (numer akcesyjny: MF589234). Analiza BLAST w GenBank wykazała 100,0% podobieństwo do szczepu S. upenei VITVAGJ (numer akcesji KP090164.1). Dalsza analiza filogenetyczna z wszystkimi sekwencjami typu Shewanella dostępnymi w bazie GenBank, potwierdziła przynależność szczepu do gatunku S. upenei (LC2016-5 na ryc. 1). W dniu pobrania krwi pobrano również płyn z drenażu jamy otrzewnowej i wyhodowano go przy użyciu tych samych metod identyfikacyjnych, a wyniki identyfikacji bakterii i lekowrażliwości były zgodne z wynikami krwi.
Test wrażliwości na antybiotyki wykonano metodą mikrorozcieńczeń na podłożu Mueller-Hinton. Szczep był wrażliwy na aztreonam (1 μg/ml), ceftazydym (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacynę (2 μg/ml), gentamycyna (1 μg/ml) i lewofloksacyna (1 μg/ml), ale był pośredni w stosunku do imipenemu (8 μg/ml), piperacyliny/tazobaktamu (64 μg/ml) i cyprofloksacyny (2 μg/ml).