Większość ludności Sudanu to muzułmanie, należący w przeważającej większości do odłamu sunnickiego. Islam sunnicki w Sudanie, podobnie jak w dużej części pozostałej części Afryki, charakteryzuje się tworzeniem tarīqahs, czyli muzułmańskich bractw religijnych. Najstarszą z tych tarīqah jest Qādiriyyah, która została wprowadzona do regionu Sudanu z Bliskiego Wschodu w XVI wieku. Inną ważną tarīqah jest Khatmiyyah, lub Mīrghaniyyah, która została założona przez Muḥammada ʿUthmān al-Mīrghanī na początku XIX wieku. Prawdopodobnie najpotężniejszą i najlepiej zorganizowaną tarīqah jest Mahdiyyah; jej zwolennicy poprowadzili udaną rewoltę przeciwko reżimowi turecko-egipskiemu (1821-85) i ustanowili niezależne państwo w Sudanie, które przetrwało od 1884 do 1898 roku. Mahdiyyah i Khatmiyyah tarīqahs stanowiły podstawę dla partii politycznych, które pojawiły się w Sudanie w latach 40. XX wieku i nadal odgrywały dominującą rolę w polityce kraju w okresie po uzyskaniu niepodległości.
A small percentage of Sudan’s population follow traditional animist religions, particularly in the Nuba Mountains. Chociaż animiści dzielą pewne wspólne elementy wierzeń religijnych, każda grupa etniczna ma swoją własną, rdzenną religię. Praktycznie wszystkie tradycyjne afrykańskie religie Sudanu łączy koncepcja wyższego ducha lub boskości, zazwyczaj boga stwórcy. Istnieją dwie koncepcje wszechświata: ziemska i niebiańska, czyli widzialna i niewidzialna. Świat niebiański jest postrzegany jako zamieszkany przez istoty duchowe, których zadaniem jest służyć jako pośrednicy lub posłańcy Boga; w przypadku Nilotów duchy te są utożsamiane z ich przodkami. Najwyższe bóstwo jest przedmiotem rytuałów wykorzystujących muzykę i taniec.
Chrześcijanie stanowią kolejną niewielką część populacji. Chrześcijaństwo po raz pierwszy przybył do Sudanu około 6 wieku ce, a przez wieki później kościoły chrześcijańskie kwitły w starożytnym królestwie Nubii. Po ustanowieniu rządów muzułmańskich w Egipcie i późniejszych migracjach arabskich do Sudanu, chrześcijaństwo w Nubii podupadło i zostało stopniowo zastąpione przez islam; proces ten zakończył się pod koniec XV wieku. Dzisiejsze chrześcijaństwo w Sudanie jest owocem europejskich wysiłków misyjnych, które rozpoczęły się w drugiej połowie XIX wieku. Większość z tych wysiłków koncentrowała się raczej w górach Nuba niż wśród muzułmanów na północy.