Życie roślin
Górna (południowa), stosunkowo wilgotna część dorzecza pokryta jest sawanną (łąki z płatami drzew), zwaną cerrados, oraz lasami mieszanymi z wiecznie zielonych i liściastych drzew. Drzewa liściaste to jacaranda, cedr brazylijski (cedro) i vinhatico; rośnie tam również kaktus koszenila, aloes i wanilia. Charakterystyczna dla środkowego dorzecza jest roślinność caatinga (od słowa Tupí-Guaraní oznaczającego „biały las”), obszar zahamowanego, często ciernistego lasu. Wśród dominujących gatunków drzew znajdują się strączkowe catingueiras i juremas, należące do rodziny euphorbia (ostrożeń), oraz drzewo barriguda (podobne do palmy drzewo z rodziny Bombacaceae); bromeliady (rośliny z podstawowymi, często kolczastymi liśćmi) i szeroka gama kaktusów stanowią podszycie. Gatunki użyteczne gospodarczo obejmują kakaowiec, wykorzystywany do produkcji włókien; rącznik pospolity; palmy olejowe, carnauba i daktylowe; oraz drzewa nerkowca i kauczukowca.
Strefa upadku leży w suchym wnętrzu Brazylii, znanym jako sertão. Niewielka ilość opadów na tym obszarze pozwala na wzrost tylko kserofitycznych (odpornych na suszę) zarośli i traw. W suchych lasach na pagórkowatych wyżynach rosną palmy carnauba i babassu oraz takie rośliny, jak kaktus, róża skalna i rododendron. Jedną z niezwykłych roślin regionu sertão jest wiecznie zielony aveloz, który osiąga wysokość od 15 do 20 stóp i jest używany jako żywopłot do oznaczania granic pól. Woda podziemna w tym regionie jest często zbyt słona do nawadniania lub picia.
Dolna część São Francisco przepływa przez tereny zalewowe o drobnoziarnistych glebach mułowych i kwitnie tam tropikalny las półdrzewiasty. Większość pierwotnej roślinności, która rosła wzdłuż rzeki, została jednak wykarczowana na potrzeby rolnictwa.