Associated Personnel:
- Kate Reardon, Research Microbiologist
- Katherine Son, Physical Science Technician
- Vacant, Research Associate, Microbiologist (Soils)
- Vacant, Lab Technician
- ARS-SWCR Scientists
Collaborators:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Bieżące projekty badawcze
Mikroby glebowe w znacznym stopniu przyczyniają się do obiegu składników odżywczych i dostępności azotu w glebach rolniczych. Moje badania skupiają się na tym, jak strategie zarządzania uprawami wpływają na rodzime społeczności mikroorganizmów glebowych i jaki wpływ mają systemy upraw na dynamikę azotu i węgla. W celu zrozumienia tych efektów, stosujemy techniki molekularne, aby określić ilościowo i zidentyfikować mikroorganizmy, w tym bakterie, grzyby, archaea i nicienie, ważne dla obiegu składników odżywczych w glebach rolniczych. Analizujemy również zmiany w obfitości genów wymaganych dla pewnych funkcji mikrobiologicznych, takich jak obieg azotu. Analizując funkcjonalne geny, takie jak gen kodujący monooksygenazę amoniaku, która katalizuje pierwszy etap konwersji amoniaku do azotynów, możemy założyć, jak strategie zarządzania, takie jak płodozmian lub nawożenie azotem, wpływają na mikrobiologiczne utlenianie amoniaku.
Możliwości biologii molekularnej są nowe w programie mikrobiologicznym USDA-ARS w Pendleton i obecnie obejmują ekstrakcję DNA/RNA, elektroforezę żelową, PCR (łańcuchową reakcję polimerazy), ilościową PCR, T-RFLP (do określania zmian w różnorodności mikrobiologicznej, polimorfizm długości końcowych fragmentów restrykcyjnych), sekwencjonowanie DNA i kwantyfikację DNA/RNA przy użyciu fluorescencji lub Bioanalizatora.