Although Sophia emerged from the shadows during the dynastic struggles of 1682, her prior influences can help to explain her ascendance to the regency. Przy poprzedniej zmianie władcy w 1676 r. Zofia mogła działać w interesie swojego brata, Feodora, gdyż istnieją różne pogłoski o tym, że błagała wówczas swojego ojca, umierającego cara Aleksego, by nie ogłaszał Piotra swoim następcą. Zdolność Feodora do kierowania Rosją była kwestionowana ze względu na jego słabą naturę i zły stan zdrowia. Z czasem jednak jego zdolności umysłowe rozwijały się całkiem nieźle, gdyż uczył go Symeon Połocki. Wielu historyków twierdzi, że podczas krótkiego panowania Feodora III (1676-1682), Feodor faktycznie „rządził pod protektoratem swojej siostry Zofii”. Gdy stan zdrowia młodego cara Feodora zaczął się pogarszać, coraz więcej osób zaczęło mu doradzać, a wpływy Zofii stale malały. Korzystając z dworu, który nigdy nie był otwarty dla kobiety w jej sytuacji, wykorzystała swoje znajomości, nawiązała sojusze i formalnie planowała objęcie tronu. Gdy Feodor zmarł (7 maja 1682 r.), Zofia natychmiast powróciła na scenę polityczną. Wzięła udział w pogrzebie swojego brata, wywołując tym samym zamieszanie. W czasach Zofii, żeńskie krewne cara były trzymane z dala od dworu i innych sfer politycznych, a pogrzeby tradycyjnie odbywały się bez kobiet. Zofia wtargnęła na pogrzeb, nalegając na swoją obecność i jednocześnie rozpoczynając łańcuch wydarzeń, które doprowadzą do jej regencji.
Partia Miłosławskiego, skupiona wokół rodziny Feodora i Zofii, wykorzystała powstanie Strelca (25 maja 1682), aby umieścić Zofię na fotelu władzy. Car Aleksy pozostawił po sobie dwie rodziny po swoich dwóch żonach, a każda z tych gałęzi mogła się poszczycić co najmniej jednym męskim potomkiem. Ponieważ klany obu żon Aleksego były skłócone, Zofia obmyśliła plan zapewnienia władzy sobie i swojej rodzinie. Propagując sprawę swojego brata Iwana jako prawowitego następcy tronu, Zofia próbowała przekonać patriarchę i bojarów, że powinni cofnąć swoją niedawną decyzję o koronacji Piotra. Upierając się, że proklamacja Piotra złamała monarsze prawa, pomijając jej brata, który byłby następny w kolejce do władzy, gdyby nie jego nieudolność, zaproponowała wspólną koronę dla siebie i Iwana. Po szybkim i jednogłośnym odrzuceniu tej propozycji przez dwór, Zofia zwróciła się o pomoc i wsparcie do zniechęconego oddziału wojskowego – strelców. Niesprawiedliwe odrzucenie praw Iwana zadziałało jak katalizator dla i tak już niezadowolonych i sfrustrowanych żołnierzy. Liczne problemy, w tym bezlitosna taktyka motywacyjna i brak odpoczynku, doprowadziły streltsy do gwałtownego sprzeciwu wobec „niesprawiedliwego” wyboru Piotra. Gdy walki ustały, a życie Piotra na zawsze pozostało naznaczone krwią przelaną przez jego krewnych Naryszkinów, szczudlarze spełnili swoje początkowe żądania. 25 czerwca 1682 r. po buncie szczudlarzy patriarcha Ioakim koronował niekompetentnego Iwana na cara seniora (Iwan V), a Piotra, zaledwie dziewięcioletniego, na cara juniora. W chwili śmierci Feodora Zofia została uznana za jedynego dojrzałego intelektualnie członka rodziny panującej, co czyniło ją faworytką do rządzenia w imieniu dziecka Piotra i nieudolnego Iwana. Wykorzystując wiedzę polityczną i praktyczną, którą zdobyła u boku Feodora, Zofia przekonała szlachtę i patriarchę, że jest w stanie rządzić Rosją. Jak Zofia zaaranżowała przed śmiercią cara Feodora, Wasilij Golicyn został de facto szefem rządu, realizując większość polityk podczas jej regencji.