W czerwcu 1905 roku Witte został poproszony o wynegocjowanie zakończenia wojny rosyjsko-japońskiej. Mikołaj II był zadowolony z jego występu i został wprowadzony do rządu, aby pomóc rozwiązać niepokoje przemysłowe, które nastąpiły po Krwawej Niedzieli. Witte zauważył: „Z wieloma narodowościami, wieloma językami i narodem w dużej mierze niepiśmiennym, cudem jest, że kraj może być trzymany razem nawet przez autokrację. Pamiętajcie o jednym: jeśli upadnie rząd cara, w Rosji zapanuje absolutny chaos i minie wiele długich lat, zanim zobaczycie inny rząd, który będzie w stanie zapanować nad mieszaniną, która składa się na naród rosyjski.” (13)
Emile J. Dillon, dziennikarz pracujący dla Daily Telegraph, zgodził się z analizą Witte’a: „Witte… przekonał mnie, że każda demokratyczna rewolucja, jakkolwiek pokojowo przeprowadzona, otworzyłaby szeroko bramy dla sił anarchizmu i rozbiła imperium. A rzut oka na zwykłe mechaniczne zestawienie – nie można tego nazwać zjednoczeniem – elementów tak sprzecznych między sobą, jakimi były etniczne, społeczne i religijne sekcje i podziały poddanych cara, uświadomiłby tę oczywistą prawdę każdemu bezstronnemu i uważnemu studentowi polityki.” (14)
W październiku 1905 roku kolejarze zastrajkowali, co sparaliżowało całą rosyjską sieć kolejową. Przerodziło się to w strajk generalny. Leon Trocki później wspominał: „Po 10 października 1905 roku strajk, teraz z hasłami politycznymi, rozprzestrzenił się z Moskwy na cały kraj. Takiego strajku generalnego nie było nigdzie wcześniej. W wielu miastach doszło do starć z wojskiem.” (15)
Witte widział tylko dwie opcje otwarte dla Trar; „albo musi postawić się na czele powszechnego ruchu wolnościowego, czyniąc mu ustępstwa, albo musi ustanowić dyktaturę wojskową i stłumić gołą siłą całą opozycję”. Zaznaczył jednak, że każda polityka represji spowoduje „masowy rozlew krwi”. Jego rada była taka, że car powinien zaproponować program reform politycznych. (16)
Nicholas napisał w swoim dzienniku: „Przez wszystkie te straszne dni stale spotykałem się z Witte. Bardzo często spotykaliśmy się wczesnym rankiem, by rozstać się dopiero wieczorem, gdy zapadła noc. Były tylko dwie drogi otwarte: znaleźć energicznego żołnierza i zmiażdżyć bunt siłą. To oznaczałoby rzeki krwi, a w końcu bylibyśmy tam, gdzie zaczynaliśmy. Innym wyjściem byłoby dać ludziom prawa obywatelskie, wolność słowa i prasy, a także prawa stanowione przez Dumę Państwową – to oczywiście byłaby konstytucja. Witte broni tego bardzo energicznie”. (17)
Grand Duke Nikolai Romanov, drugi kuzyn cara, był ważną postacią w wojsku. Bardzo krytycznie oceniał sposób, w jaki car radził sobie z tymi wydarzeniami i popierał reformy, za którymi opowiadał się Siergiej Witte: „Rząd (jeśli istnieje) nadal pozostaje w całkowitej bezczynności… głupi widz fali, która krok po kroku ogarnia kraj.” (18)
22 października 1905 roku Siergiej Witte wysłał wiadomość do cara: „Obecny ruch na rzecz wolności nie jest nowych narodzin. Jego korzenie są osadzone w wiekach historii Rosji. Wolność musi stać się hasłem rządu. Nie ma innej możliwości dla zbawienia państwa. Marszu postępu historycznego nie da się zatrzymać. Idea wolności obywatelskiej zwycięży, jeśli nie na drodze reform, to na drodze rewolucji. Rząd musi być gotowy do postępowania zgodnie z zasadami konstytucyjnymi. Rząd musi szczerze i otwarcie zabiegać o dobrobyt państwa, a nie starać się chronić ten czy inny typ rządu. Nie ma alternatywy. Rząd musi albo stanąć na czele ruchu, który ogarnął kraj, albo oddać go w ręce żywiołów, które rozerwą go na strzępy.” (19)
Później w tym samym miesiącu Leon Trocki i inni mienszewicy utworzyli Sowiet Petersburski. W dniu 26 października w Instytucie Technologicznym odbyło się pierwsze posiedzenie Sowietu. Wzięło w nim udział tylko czterdziestu delegatów, ponieważ większość fabryk w mieście zdążyła wybrać swoich przedstawicieli. Opublikowano oświadczenie, w którym stwierdzono: „W ciągu najbliższych kilku dni w Rosji będą miały miejsce decydujące wydarzenia, które na wiele lat określą los klasy robotniczej w Rosji. Musimy być w pełni przygotowani do stawienia czoła tym wydarzeniom zjednoczeni poprzez nasz wspólny Sowiet.” (20)
W ciągu następnych kilku tygodni w całej Rosji powstało ponad 50 takich sowietów, a wydarzenia te stały się znane jako Rewolucja 1905 roku. Witte nadal doradzał carowi, aby poszedł na ustępstwa. Wielki książę Mikołaj Romanow zgodził się z tym i wezwał cara do wprowadzenia reform. Car odmówił i zamiast tego nakazał mu przyjąć rolę dyktatora wojskowego. Wielki książę wyciągnął pistolet i zagroził, że zastrzeli się na miejscu, jeśli car nie poprze planu Wittego. (21)
30 października car niechętnie zgodził się na opublikowanie szczegółów proponowanych reform, które stały się znane jako Manifest Październikowy. Przyznawał on wolność sumienia, słowa, zgromadzeń i stowarzyszeń. Obiecał również, że w przyszłości ludzie nie będą więzieni bez procesu. Wreszcie ogłosił, że żadna ustawa nie wejdzie w życie bez zgody Dumy Państwowej. Zwrócono uwagę na to, że „Witte sprzedawał nową politykę z całą siłą, jaką dysponował”. Zwrócił się również do właścicieli gazet w Rosji, aby „pomogli mi uspokoić opinie”. (22)
Propozycje te zostały odrzucone przez sowiet petersburski: „Dano nam konstytucję, ale absolutyzm pozostaje… Walczący rewolucyjny proletariat nie może złożyć broni, dopóki prawa polityczne narodu rosyjskiego nie zostaną ustanowione na mocnych podstawach, dopóki nie zostanie ustanowiona demokratyczna republika, najlepsza droga dla dalszego postępu do socjalizmu.” (23) Car obwiniał za to Wittego i napisał w swoim dzienniku: „Dopóki żyję, nigdy już nie zaufam temu człowiekowi (Witte) w najmniejszej sprawie”. (24)
Na wieść o opublikowaniu Manifestu Październikowego ksiądz Georgij Gapon wrócił do Rosji i próbował uzyskać zgodę na ponowne otwarcie Zgromadzenia Robotników Rosyjskich w Petersburgu. Jednak Siergiej Witte odmówił spotkania z nim. Zamiast tego wysłał mu wiadomość z groźbą aresztowania go, jeśli nie opuści kraju. Był skłonny zaproponować układ, w którym Gapon miał otwarcie poprzeć Wittego i potępić wszelką dalszą działalność powstańczą przeciwko reżimowi. W zamian otrzymał obietnicę, że po zakończeniu kryzysu Gapon zostanie wpuszczony z powrotem do Rosji i będzie mógł kontynuować swoją działalność związkową. (25)
Car zdecydował się podjąć działania przeciwko rewolucjonistom. Trocki później wyjaśnił, że: „Wieczorem 3 grudnia petersburski sowiet został otoczony przez wojsko. Wszystkie wejścia i wejścia były zamknięte”. Leon Trocki i inni przywódcy sowieccy zostali aresztowani. Trocki został zesłany na Syberię i pozbawiony wszelkich praw obywatelskich. Trocki wyjaśnił, że nauczył się ważnej lekcji politycznej, „strajk robotników po raz pierwszy rzucił carat na kolana.” (26)
Georgi Gapon dotrzymał swojej strony umowy. Kiedy tylko było to możliwe, udzielał wywiadów prasowych, chwaląc Sergiusza Witte i wzywając do umiarkowania. Biograf Gapona, Walter Sablinsky, zauważył: „To, oczywiście, spowodowało ostre potępienie ze strony rewolucjonistów… Nagle bohater rewolucji stał się zagorzałym obrońcą rządu carskiego”. Gniew wzrósł, gdy stało się jasne, że Witte jest zdecydowany spacyfikować kraj siłą i wszyscy przywódcy rewolucji zostali aresztowani. (27)