Tak jak inne znaczniki o krótkim powinowactwie (His-tag, FLAG-tag), Strep-tag może być łatwo łączony z białkami rekombinowanymi podczas subklonowania jego cDNA lub genu. Do jego ekspresji dostępne są różne wektory dla różnych organizmów żywicielskich (E. coli, drożdże, owady i komórki ssaków). Szczególną zaletą Strep-tagu jest jego dość mały rozmiar i fakt, że jest on biochemicznie prawie obojętny. Dlatego nie ma wpływu na składanie lub wydzielanie białek i zazwyczaj nie zakłóca ich funkcji. Strep-tag jest szczególnie przydatny do analizy białek funkcjonalnych, ponieważ procedura oczyszczania może być prowadzona w warunkach fizjologicznych. Pozwala to nie tylko na izolację wrażliwych białek w stanie natywnym, ale możliwe jest również oczyszczanie nienaruszonych kompleksów białkowych, nawet jeśli tylko jedna podjednostka nosi znacznik.
W pierwszym etapie cyklu oczyszczania Strep-tag, lizat komórkowy zawierający białko fuzyjne Strep-tag jest nanoszony na kolumnę z unieruchomioną Strep-Taktyną (etap 1). Po specyficznym związaniu się znakowanego białka ze Strep-Taktyną, krótki etap płukania buforem fizjologicznym (np. PBS) usuwa wszystkie inne białka gospodarza (krok 2). Wynika to z jej wyjątkowo niskiej tendencji do niespecyficznego wiązania białek. Następnie oczyszczone białko fuzyjne Strep-tag jest delikatnie eluowane niskim stężeniem desthiobiotyny, która specyficznie konkuruje o kieszeń wiążącą biotyny (krok 3). Aby zregenerować kolumnę, destiobiotyna jest usuwana poprzez zastosowanie roztworu zawierającego HABA (żółty barwnik azowy). Usunięcie destiobiotyny sygnalizowane jest zmianą koloru z żółto-pomarańczowego na czerwony (etap 4+5).Na koniec roztwór HABA jest wypłukiwany niewielką objętością buforu roboczego, dzięki czemu kolumna jest gotowa do użycia w kolejnej serii oczyszczania.