Względna rola litotrypsji pozaustrojową falą uderzeniową i przezskórnej nefrostolitotomii jest obecnie przedmiotem dyskusji. Obie metody leczenia można zastosować do większości kamieni z górnych dróg moczowych. Istnieją jednak pewne istotne różnice pomiędzy tymi dwiema technikami. Ogólnie rzecz biorąc, litotrypsja pozaustrojową falą uderzeniową wiąże się z istotnie niższą zachorowalnością niż przezskórna nefrostolitotomia, ale wskaźniki wyleczeń bez kamieni są niższe w przypadku litotrypsji pozaustrojową falą uderzeniową niż w przypadku przezskórnej nefrostolitotomii. Różnica ta jest niewielka w przypadku nerek o minimalnym obciążeniu kamieniami, ale zwiększa się wprost proporcjonalnie do wzrostu obciążenia kamieniami. Zachorowalność związana z litotrypsją pozaustrojową falą uderzeniową również wzrasta wraz ze wzrostem obciążenia kamieniami. W przypadku leczenia kamicy staghornowatej zachorowalność w przypadku obu technik jest porównywalna, ale odsetek nerek wolnych od kamieni jest znacznie lepszy w przypadku przezskórnej nefrostolitotomii.
Leczenie litotrypsją pozaustrojową falą uderzeniową powoduje zmiany w nerce podobne do zmian występujących po urazie nerki, polegające przede wszystkim na krwotoku śródmiąższowym i okołonerkowym oraz obrzęku. Podczas gdy ostre efekty litotrypsji pozaustrojową falą uderzeniową są dobrze tolerowane przez większość pacjentów, długoterminowe następstwa tej formy terapii nie są dobrze poznane. Zgłaszane potencjalne długoterminowe działania niepożądane obejmują utratę funkcji nerek, nadciśnienie tętnicze i zwiększoną częstość pojawiania się nowych kamieni. Wpływ fal uderzeniowych na miąższ nerek u zwierząt doświadczalnych jest zależny od dawki (liczby fal uderzeniowych). Rezonans magnetyczny u pacjentów leczonych litotrypsją pozaustrojową falą uderzeniową wykazuje morfologiczne nieprawidłowości w nerce lub wokół niej w 63 do 85% przypadków (średnia liczba fal uderzeniowych 1200). Pomimo tych obserwacji nie ustalono jeszcze bezpiecznych granic stosowania litotrypsji pozaustrojową falą uderzeniową u ludzi. Pilnie potrzebne są dalsze badania dotyczące tego zagadnienia oraz potencjalnych długoterminowych działań niepożądanych litotrypsji pozaustrojową falą uderzeniową.
.