Wycinka selektywna jest praktyką polegającą na usuwaniu tylko jednego lub dwóch gatunków drzew z określonego obszaru. Jak wspomniano wcześniej, selektywne pozyskiwanie drewna jest bardziej wydajną metodą w porównaniu do zrębów zupełnych, ale nadal istnieją negatywne skutki. Selektywne pozyskiwanie drewna w amazońskich lasach deszczowych przekształciło się z niskonakładowego pozyskiwania jednego lub dwóch gatunków w system, w którym można pozyskiwać wiele gatunków i zachować rentowność. Jest to jeden z wielu sposobów użytkowania gruntów w rozwijających się obszarach granicznych w Amazonii. Jednakże rozwój tego przemysłu nie jest skorelowany z efektywnym zarządzaniem i lepszymi technikami pozyskiwania drewna. Chociaż istnieje wiele postępów w gospodarce leśnej, takich jak redukcja wpływu wycinki (RIL), nie zostały one powszechnie przyjęte. Kilka powodów, dla których szkodliwe techniki selektywnego pozyskiwania drewna są preferowane w stosunku do RIL to: niejasno określone prawa własności, wysokie koszty transakcji rządowych i brak dostępnych informacji na temat technik gospodarki leśnej. RIL wpływa również na regenerację drzew, ponieważ tworzy mniejsze luki w koronach drzew, co ogranicza dostęp naturalnego światła, którego regenerujące się drzewa potrzebują, aby przetrwać.
Dwa sposoby uzyskania pozwolenia na wycinkę lasów w brazylijskiej Amazonii to regulowane przez politykę plany zarządzania lasami i wylesianie. Prawie 15 milionów m3 drewna zostało zarejestrowane dzięki tym pozwoleniom w latach 2000-2004, ale ponad 24 miliony metrów sześciennych (850×106 cu ft) zostało zarejestrowane w latach 1998-2004. Znaczna część produkcji z tych lat pochodziła z nielegalnego wyrębu. Nielegalne pozyskiwanie drewna prowadzi do strat podatkowych ze strony państwa i słabego rozwoju gospodarczego w sektorach związanych z pozyskiwaniem drewna. Dodatkowo, nielegalne pozyskiwanie drewna skutkuje zubożeniem lasów, utratą bioróżnorodności i zwiększonym prawdopodobieństwem wystąpienia pożaru.
Intensywność, z jaką wszystkie operacje pozyskiwania drewna są prowadzone, ma bezpośredni wpływ na postęp ekologiczny. Początkowo, w wyniku selektywnego wyrębu, zmniejsza się pokrycie koron drzew, co prowadzi do spowolnienia wzrostu lasu, procesów hydrologicznych i zaopatrzenia w żywność. Poza zmianą struktury lasu, selektywna wycinka zmienia również cykl węgla i inne kluczowe procesy biogeochemiczne, które pomagają kontrolować i utrzymywać produktywność lasu. Skutki selektywnego pozyskiwania drewna można podzielić na trzy główne elementy: uszkodzenia gruntu w wyniku działań związanych z pozyskaniem drewna, czasowe wzorce frakcji luki w koronach w ramach każdej kategorii uszkodzeń gruntu oraz czasowe zmiany frakcji luki wynikające ze ściętych drzew. Frakcja luki w okapie jest zintegrowanym efektem kilku zależnych od skali właściwości biofizycznych, które dostarczają informacji o otwartości okapu po selektywnym pozyskaniu drewna. Szlaki są największym czynnikiem przyczyniającym się do uszkodzeń gruntu, ale pokłady kłód i drogi były niewielkimi składnikami ogólnych uszkodzeń gruntu. Jednakże, różne metody i techniki pozyskiwania drewna skutkują różnymi poziomami uszkodzeń gruntu. Pomimo podobnych technik pozyskiwania drewna, konwencjonalne metody pozyskiwania drewna powodują więcej uszkodzeń gruntu niż pozyskiwanie o zmniejszonym wpływie na środowisko.
Selektywne pozyskiwanie drewna jest jednym z wielu sposobów użytkowania gruntów w brazylijskiej Amazonii, ale również zwiększa dostęp człowieka do lasów poprzez rozwój wielu dróg do pozyskiwania drewna. Drogi te umożliwiają łatwiejszy dostęp do miejsc wyrębu, ale także ułatwiają myśliwym dostęp do terenów leśnych, co zmniejsza bioróżnorodność w lesie. Ponadto, pozyskiwanie drewna jest najbardziej prawdopodobne wokół tych dróg, ponieważ łatwość dostępu pozwala na większy zysk. Prowadzi to do dużych frakcji luk i wysokich wskaźników wylesiania. Nieuchronnie, prawdopodobieństwo wylesienia jest wyższe w przypadku źle zarządzanego selektywnego pozyskiwania drewna w lesie niż w przypadku jego braku. Zwiększona ilość otwartych koron drzew powoduje degradację i zwiększa podatność na pożary. Fragmentacja lasów jest również skutkiem intensywnego pozyskiwania drewna w lesie. Skutkiem wyrębu w brazylijskiej Amazonii jest fragmentacja lasów, ponieważ nowe obszary leśne są produkowane w ramach wyrębu zupełnego lub selektywnego.
Prawie połowa operacji selektywnego wyrębu w Amazonii była nielegalna we wczesnych latach 2000. Ponieważ większość praktyk pozyskiwania drewna była nieuregulowana, duże szkody w pozyskiwaniu drewna spowodowały, że tereny leśne stały się podatne na suszę i pożary. W niedawno wyciętych lasach, frakcja luki w koronach drzew jest najwyższa w pokładach kłód, jednak ogólny wpływ na frakcję luki w lesie jest znikomy ze względu na małą powierzchnię pokładów.
.