Sistemul politic al Republicii Sudan a fost restructurat în urma unei lovituri de stat militare la 30 iunie 1989, când Omar al-Bashir, pe atunci brigadier în armata sudaneză, a condus un grup de ofițeri și a înlăturat guvernul prim-ministrului Sadiq al-Mahdi. Sub conducerea lui al-Bashir, noul guvern militar a suspendat partidele politice și a introdus un cod juridic islamic la nivel național. El a devenit apoi președintele Consiliului Comandamentului Revoluționar pentru Salvarea Națională (un organism nou înființat cu puteri legislative și executive pentru ceea ce a fost descris ca fiind o perioadă de tranziție) și a preluat funcțiile de șef al statului, prim-ministru, șef al forțelor armate și ministru al apărării. Mai departe, după ce a instituționalizat legea Sharia în partea de nord a țării împreună cu Hassan al-Turabi, al-Bashir a ordonat epurări și execuții în rândurile superioare ale armatei, interzicerea asociațiilor, a partidelor politice și a ziarelor independente, precum și încarcerarea unor personalități politice și jurnaliști importanți. În 1993, Sudanul s-a transformat într-un stat islamic totalitar cu un singur partid, deoarece al-Bashir a abolit Consiliul de Comandament al Revoluției și a creat Frontul Național Islamic (FNI), cu un nou parlament și un nou guvern format exclusiv din membri ai FNI, și s-a autoproclamat președinte al Sudanului. Ca urmare, cel de-al doilea război civil sudanez cu Armata Populară de Eliberare a Sudanului (SPLA) nu va face decât să se intensifice în anii următori.
Între 1983 și 1997, țara a fost împărțită în cinci regiuni în nord și trei în sud, fiecare condusă de un guvernator militar. După lovitura de stat militară din 1989, adunările regionale au fost suspendate. Odată cu desființarea Consiliului Comandamentului Revoluționar pentru Salvarea Națională în 1993 și cu formarea de către Frontul Național Islamic (NIF) aflat la putere a Partidului Congresului Național (NCP), noul partid a inclus câțiva membri nemusulmani, în principal politicieni sud-sudanezi, dintre care unii au fost numiți miniștri sau guvernatori de stat.
În 1997, structura administrației regionale a fost înlocuită prin crearea a douăzeci și șase de state. Executivele, cabinetele și funcționarii de stat de nivel înalt sunt numiți de președinte, iar bugetele lor limitate sunt stabilite de Khartoum și distribuite de acesta. Ca urmare, statele rămân dependente din punct de vedere economic de guvernul central. Statul Khartoum, care cuprinde capitala și districtele periferice, este administrat de un guvernator.
În urma semnării Acordului global de pace (CPA) în 2005 între guvernul lui Omar al-Bashir și Mișcarea/Armata de Eliberare a Poporului din Sudan (SPLM/A), în Sudan a fost instalat un guvern de uniune națională, în conformitate cu Constituția interimar, prin care a fost creat un post de co-vicepreședinte reprezentând sudul, pe lângă cel de vicepreședinte al Sudanului de Nord. Acest lucru a permis nordului și sudului să împartă în mod egal zăcămintele de petrol, dar, de asemenea, a lăsat în vigoare atât armata nordului, cât și cea a sudului.
În urma Acordului de pace din Darfur, funcția de consilier prezidențial principal, al patrulea cel mai înalt post constituțional, a fost alocată lui Minni Minnawi, un Zaghawa din Armata de Eliberare a Sudanului (SLA) cu sediul în Darfur. Posturile executive au fost împărțite între Partidul Congresului Național (NCP), Mișcarea/Armata de Eliberare a Poporului din Sudan (SPLM/A), Frontul de Est și facțiuni ale Partidului Umma și ale Partidului Democratic Unionist (DUP). Acest acord de pace cu SPLM/A a acordat Sudanului de Sud autonomie timp de șase ani, urmând să fie urmat de un referendum privind independența în 2011. În conformitate cu noua constituție din 2005, legislativul național bicameral este parlamentul oficial sudanez și este împărțit în două camere: Adunarea Națională, o cameră inferioară cu 450 de locuri, și Consiliul de Stat, o cameră superioară cu 50 de locuri. Astfel, parlamentul este format din 500 de membri numiți în total, unde toți sunt aleși indirect de către legislativele statelor pentru a îndeplini mandate de șase ani.
În ciuda mandatului său de arestare internațional, Omar al-Bashir a fost reales în alegerile prezidențiale sudaneze din 2010, primele alegeri democratice cu participarea mai multor partide politice din ultimii nouă ani. Rivalul său politic a fost vicepreședintele Salva Kiir Mayardit, actualul lider al SPLA.
În decembrie 1999, o luptă pentru putere a atins punctul culminant între președintele Omar al-Bashir și Hassan al-Turabi, fondatorul NIF, ideolog islamist și președinte al parlamentului. Al-Turabi a fost destituit din funcțiile pe care le deținea în partidul de guvernământ și în guvern, parlamentul a fost dizolvat, constituția a fost suspendată, iar starea de urgență națională a fost declarată prin decret prezidențial. Parlamentul a fost reluat în februarie 2001, după alegerile prezidențiale și parlamentare din decembrie 2000, dar legile de urgență națională au rămas în vigoare. Cam în aceeași perioadă a fost publicată Cartea Neagră, un manuscris al occidentalilor disidenți care detaliază dominația popoarelor din nord. Al-Turabi a fost arestat în februarie 2001 și acuzat că reprezintă o amenințare la adresa securității naționale și a ordinii constituționale pentru că a semnat un memorandum de înțelegere cu SPLM/A. El a fost plasat într-o închisoare de maximă securitate până la eliberare în 2005.
În cadrul acordului care a pus capăt celui de-al doilea război civil sudanez, nouă membri ai SPLM/A și 16 membri ai guvernului au depus jurământul în calitate de miniștri la 22 septembrie 2005, formând primul guvern de unitate națională de după război. Inaugurarea a fost amânată din cauza unor discuții cu privire la cine urma să primească diverse portofolii și ca urmare a decesului vicepreședintelui John Garang. Partidul Congresului Național a păstrat controlul asupra posturilor cheie din energie, apărare, interne și finanțe, în timp ce o persoană numită de SPLM a devenit ministru de externe. Se pare că vicepreședintele Salva Kiir a dat înapoi în disputa privind cine va avea controlul vitalului Minister al Energiei și Minelor, care se ocupă de producția câmpurilor petroliere din Sudan.
La 11 aprilie 2019, al-Bashir și guvernul său au fost răsturnați printr-o lovitură de stat militară condusă de prim-vicepreședintele său și de ministrul apărării, care au înființat apoi junta militară aflată acum la putere. A doua zi, Auf a predat puterea generalului-locotenent Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.
.