Uma abordagem alternativa à regulamentação ambiental é uma abordagem de comando e controle. Isto é muito mais prescritivo do que instrumentos baseados no mercado. Os instrumentos regulatórios de comando e controle incluem normas de emissões, especificações de processo/equipamento, limites de entrada/saída/descargas, requisitos de divulgação de informações e auditorias. As abordagens de comando e controle têm sido criticadas por restringir a tecnologia, pois não haveria incentivo para que as empresas inovassem. Estudos empíricos mostraram o contrário; mudanças externas de preços podem induzir inovação, já que as empresas são forçadas a lidar com a falha de mercado de subinvestimento.
Os instrumentos baseados no mercado não prescrevem que as empresas utilizem tecnologias específicas, ou que todas as empresas reduzam suas emissões na mesma quantidade, o que permite às empresas maior flexibilidade em suas abordagens de gestão da poluição. Entretanto, as abordagens de comando e controle podem ser benéficas como ponto de partida, quando os reguladores são confrontados com um problema significativo, mas têm muito pouca informação para suportar um instrumento baseado no mercado. Abordagens de comando e controle também podem ser preferidas quando os reguladores são confrontados com um mercado magro, onde o potencial limitado dos pools de negociação significa que os ganhos de um instrumento baseado no mercado não excederiam os custos (um requisito chave para uma abordagem de sucesso baseada no mercado).
Instrumentos baseados no mercado também podem ser inadequados para lidar com emissões com impactos locais, já que a negociação estaria restrita a dentro dessa região. Eles também podem ser inadequados para emissões com impactos globais, pois a cooperação internacional pode ser difícil de ser alcançada.
Por uma variedade de razões, os defensores do meio ambiente inicialmente se opuseram ao uso de instrumentos baseados no mercado, exceto sob condições muito restritas. No entanto, após o uso bem sucedido de créditos livremente negociados na redução gradual do chumbo nos EUA, os defensores do meio ambiente reconheceram que os mercados de negociação também têm benefícios para o meio ambiente. A partir daí, começando com a proposta do mercado de tolerância à chuva ácida, os defensores ambientais têm apoiado o uso da negociação em uma variedade de contextos.