No início da década de 1920, A.P. Moller considerou possibilidades de entrar no negócio do comércio marítimo. O comércio vagabundo, onde os navios navegavam de porto em porto, dependendo da demanda, era esperado que perdessem terreno para os transatlânticos a tempo. Em 12 de julho de 1928, o navio Leise Mærsk deixou Baltimore em sua primeira viagem da costa leste americana através do Canal do Panamá para o Extremo Oriente e de volta. A carga consistia em peças de automóveis Ford e outras cargas em geral. Isto anunciava o início dos serviços de navegação da Maersk. A Maersk Line começou a crescer em 1946 após a Segunda Guerra Mundial, transportando mercadorias entre a América e a Europa, antes de expandir os serviços em 1950. Em 26 de Abril de 1956, o transporte marítimo de contentores foi introduzido com o envio de um contentor Sea-Land a bordo do SS Ideal X de Port Newark, Nova Jersey, para Houston, Texas. Em 1967, a Anglo carrier P&O fez parte da primeira iniciativa europeia, um pool de serviços de transporte marítimo de quatro companhias, para a nova companhia Overseas Containers Limited (OCL). Tanto a Sea-land como a P&O seriam mais tarde adquiridas pela Maersk Line à medida que expandia as operações entre 1999 e 2005.
Em 1999, a Maersk celebrou um acordo para a aquisição da Safmarine Container Lines (SCL) e das suas actividades de transporte marítimo relacionadas com a South African Marine Corporation Limited (Safmarine). No momento da aquisição, a Safmarine Container Lines operava aproximadamente 50 navios de transporte marítimo e uma frota de cerca de 80.000 contentores. Ela cobria um total de dez tráfegos e complementava totalmente a rede existente da Maersk Line. A Safmarine Container Lines juntou-se à A.P. Moller – Maersk Group como uma unidade independente com suas próprias atividades.
Em 10 de dezembro de 1999, o A.P. Moller Group adquiriu o negócio internacional de contêineres da SeaLand Service Inc. O negócio foi integrado com as empresas do Grupo A.P. Moller e, como parte da integração, a Maersk Line mudou o seu nome para Maersk Sealand. A aquisição compreendeu 70 navios, quase 200.000 contentores bem como terminais, escritórios e agências em todo o mundo.
Em Maio de 2005 a Maersk anunciou planos para adquirir a P&O Nedlloyd por 2,3 mil milhões de euros. Na altura da aquisição, P&O Nedlloyd tinha 6% da quota de mercado global da indústria, e a Maersk-Sealand tinha 12%. A empresa combinada seria cerca de 18% da quota de mercado mundial. A Maersk concluiu a compra da empresa em 13 de Agosto de 2005, as acções da Royal P&O Nedlloyd terminaram as negociações em 5 de Setembro. Em fevereiro de 2006, a nova entidade combinada adotou o nome “Mærsk Line”
Na época em que a empresa foi dobrada na A.P. Moller, ela possuía e fretava uma frota de mais de 160 embarcações. A sua frota de contentores, constituída por embarcações próprias e alugadas, tinha uma capacidade de 635.000 unidades equivalentes a vinte pés (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. tinha 13.000 empregados em 146 países.
Até ao final de 2006, a quota de mercado global da Maersk tinha caído de 18,2% para 16,8%, ao mesmo tempo, as duas maiores transportadoras seguintes aumentaram a sua quota de mercado, a MSC passou de 8,6% para 9,5% e a CMA CGM de 5,6% para 6,5%. Em Janeiro de 2008, a Maersk Line anunciou medidas drásticas de reorganização.
Em Novembro de 2015, após resultados inferiores aos esperados, a Maersk Line anunciou a sua decisão de despedir 4000 colaboradores até 2017. O grupo disse que iria reduzir os seus custos anuais de administração em 250 milhões de dólares nos próximos dois anos e que iria cancelar 35 viagens programadas no quarto trimestre de 2015 para além de quatro viagens programadas regularmente que cancelou no início do ano.
A partir de Outubro de 2015, a Maersk Line, juntamente com as suas subsidiárias como a Seago, MCC, Safmarine e SeaLand, controla uma quota combinada de 18% do mercado total de transporte de contentores.
Desde 1 de Dezembro de 2017, a Hamburg Süd já faz parte da empresa.