Am Anfang der 1920er Jahre erwog A.P. Moller die Möglichkeit, in den Linienverkehr einzusteigen. Man ging davon aus, dass die Trampschifffahrt, bei der die Schiffe je nach Nachfrage von Hafen zu Hafen fuhren, mit der Zeit gegenüber den Linienschiffen an Bedeutung verlieren würde. Am 12. Juli 1928 verließ das Schiff Leise Mærsk Baltimore zu seiner ersten Reise von der amerikanischen Ostküste über den Panamakanal nach Fernost und zurück. Die Ladung bestand aus Ford-Autoteilen und anderem Stückgut. Dies war der Startschuss für die Schifffahrtsdienste von Maersk. Nach dem Zweiten Weltkrieg begann die Maersk Line 1946 mit dem Transport von Gütern zwischen Amerika und Europa zu wachsen, bevor sie 1950 ihre Dienste erweiterte. Am 26. April 1956 wurde der Seecontainerverkehr mit der Verschiffung eines Sea-Land-Containers an Bord der SS Ideal X von Port Newark, New Jersey, nach Houston, Texas, eingeführt. 1967 war die englische Reederei P&O Teil der ersten europäischen Initiative, einer Zusammenlegung der Liniendienste von vier Unternehmen in der neuen Gesellschaft Overseas Containers Limited (OCL). Sowohl Sea-land als auch P&O wurden später von Maersk Line übernommen, als das Unternehmen seine Aktivitäten zwischen 1999 und 2005 ausweitete.
Im Jahr 1999 schloss Maersk eine Vereinbarung über den Erwerb von Safmarine Container Lines (SCL) und den damit verbundenen Liniendiensten von South African Marine Corporation Limited (Safmarine). Zum Zeitpunkt der Übernahme betrieb Safmarine Container Lines rund 50 Linienschiffe und eine Flotte von etwa 80.000 Containern. Das Unternehmen deckte insgesamt zehn Fahrtgebiete ab und ergänzte das bestehende Netz von Maersk Line vollständig. Safmarine Container Lines wurde als eigenständige Einheit mit eigenen Linienaktivitäten in die A.P. Moller – Maersk Gruppe integriert.
Am 10. Dezember 1999 erwarb die A.P. Moller Gruppe das internationale Containergeschäft der SeaLand Service Inc. Das Geschäft wurde in die Unternehmen der A.P. Moller Gruppe integriert, und als Teil der Integration änderte Maersk Line seinen Namen in Maersk Sealand. Die Übernahme umfasste 70 Schiffe, fast 200.000 Container sowie Terminals, Büros und Agenturen auf der ganzen Welt.
Im Mai 2005 gab Maersk Pläne zum Kauf von P&O Nedlloyd für 2,3 Milliarden Euro bekannt. Zum Zeitpunkt der Übernahme hatte P&O Nedlloyd einen Anteil von 6 % am Weltmarkt, Maersk-Sealand einen Anteil von 12 %. Das kombinierte Unternehmen würde einen Weltmarktanteil von etwa 18 % erreichen. Maersk schloss die Übernahme des Unternehmens am 13. August 2005 ab, die Aktien von Royal P&O Nedlloyd wurden am 5. September aus dem Handel genommen. Im Februar 2006 nahm das neue Unternehmen den Namen „Mærsk Line“
Zum Zeitpunkt der Eingliederung in A.P. Moller besaß und charterte das Unternehmen eine Flotte von über 160 Schiffen. Die Containerflotte, bestehend aus eigenen und geleasten Schiffen, hatte eine Kapazität von 635.000 TEU (Twenty-foot Equivalent Units). Royal P&O Nedlloyd N.V. beschäftigte 13.000 Mitarbeiter in 146 Ländern.
Bis Ende 2006 war der weltweite Marktanteil von Maersk von 18,2 % auf 16,8 % gesunken, während die beiden nächstgrößeren Reedereien ihren Marktanteil steigern konnten: MSC stieg von 8,6 % auf 9,5 % und CMA CGM von 5,6 % auf 6,5 %. Im Januar 2008 kündigte Maersk Line drastische Umstrukturierungsmaßnahmen an.
Im November 2015 gab Maersk Line, nachdem die Ergebnisse hinter den Erwartungen zurückgeblieben waren, seine Entscheidung bekannt, bis 2017 4000 Mitarbeiter zu entlassen. Die Gruppe kündigte an, ihre jährlichen Verwaltungskosten in den nächsten zwei Jahren um 250 Millionen US-Dollar zu senken und im vierten Quartal 2015 35 planmäßige Fahrten zu streichen, zusätzlich zu den vier regulären Fahrten, die Anfang des Jahres gestrichen wurden.
Im Oktober 2015 kontrollierte Maersk Line zusammen mit ihren Tochtergesellschaften wie Seago, MCC, Safmarine und SeaLand einen Anteil von 18 % am gesamten Containerschifffahrtsmarkt.
Seit dem 1. Dezember 2017 gehört die Hamburg Süd bereits zum Unternehmen.