All’inizio degli anni 20, A.P. Moller considerò la possibilità di entrare nel commercio di linea. Il commercio tramp, dove le navi navigavano da un porto all’altro a seconda della domanda, era destinato a perdere terreno a favore dei transatlantici nel tempo. Il 12 luglio 1928, la nave Leise Mærsk lasciò Baltimora per il suo primo viaggio dalla costa orientale americana attraverso il canale di Panama verso l’Estremo Oriente e ritorno. Il carico consisteva in parti di automobili Ford e altri carichi generici. Questo annunciò l’inizio dei servizi di spedizione di Maersk. Maersk Line iniziò a crescere nel 1946 dopo la seconda guerra mondiale trasportando merci tra l’America e l’Europa prima di espandere i servizi nel 1950. Il 26 aprile 1956 fu introdotto il trasporto di container via mare con la spedizione di un container Sea-Land a bordo della SS Ideal X da Port Newark, New Jersey, a Houston, Texas. Nel 1967, il vettore anglo P&O fece parte della prima iniziativa europea, un raggruppamento dei servizi di linea di quattro compagnie, nella nuova società Overseas Containers Limited (OCL). Sia la Sea-land che la P&O sarebbero state in seguito rilevate dalla Maersk Line durante l’espansione delle operazioni tra il 1999 e il 2005.
Nel 1999, la Maersk ha stipulato un accordo per l’acquisizione della Safmarine Container Lines (SCL) e delle sue relative attività di linea dalla South African Marine Corporation Limited (Safmarine). Al momento dell’acquisizione, Safmarine Container Lines gestiva circa 50 navi di linea e una flotta di circa 80.000 container. Essa copriva un totale di dieci traffici e completava completamente la rete esistente della Maersk Line. Safmarine Container Lines è entrata a far parte del gruppo A.P. Moller – Maersk come unità indipendente con le proprie attività di linea.
Il 10 dicembre 1999, il gruppo A.P. Moller ha acquisito il business internazionale dei container di SeaLand Service Inc. L’attività è stata integrata con le società del gruppo A.P. Moller e come parte dell’integrazione, Maersk Line ha cambiato il suo nome in Maersk Sealand. L’acquisizione comprendeva 70 navi, quasi 200.000 container, nonché terminali, uffici e agenzie in tutto il mondo.
Nel maggio 2005 Maersk ha annunciato l’intenzione di acquistare P&O Nedlloyd per 2,3 miliardi di euro. Al momento dell’acquisizione, P&O Nedlloyd aveva il 6% della quota di mercato globale dell’industria, e Maersk-Sealand il 12%. La compagnia combinata sarebbe circa il 18% della quota di mercato mondiale. Maersk ha completato l’acquisto della compagnia il 13 agosto 2005, le azioni Royal P&O Nedlloyd hanno terminato la negoziazione il 5 settembre. Nel febbraio 2006, la nuova entità combinata ha adottato il nome “Mærsk Line”
Al momento della fusione della compagnia con la A.P. Moller, possedeva e noleggiava una flotta di oltre 160 navi. La sua flotta di container, composta da navi di proprietà e a noleggio, aveva una capacità di 635.000 unità equivalenti a venti piedi (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. aveva 13.000 dipendenti in 146 paesi.
Entro la fine del 2006, la quota di mercato globale di Maersk era scesa dal 18,2% al 16,8%, allo stesso tempo, i prossimi due maggiori vettori hanno aumentato la loro quota di mercato, MSC è passata dal 8,6% al 9,5% e CMA CGM dal 5,6% al 6,5%. Nel gennaio 2008, Maersk Line ha annunciato drastiche misure di riorganizzazione.
Nel novembre 2015, dopo risultati inferiori al previsto, Maersk Line ha annunciato la decisione di licenziare 4000 dipendenti entro il 2017. Il gruppo ha detto che avrebbe tagliato i suoi costi di amministrazione annuali di 250 milioni di dollari nei prossimi due anni e avrebbe cancellato 35 viaggi programmati nel quarto trimestre del 2015 oltre a quattro viaggi regolarmente programmati che ha cancellato all’inizio dell’anno.
A partire da ottobre 2015, Maersk Line insieme alle sue filiali come Seago, MCC, Safmarine e SeaLand, controlla una quota combinata del 18% del mercato totale del trasporto marittimo di container.
Dal 1° dicembre 2017, Hamburg Süd è già parte della società.