Az 1920-as évek elején az A.P. Moller mérlegelte a vonalhajózási üzletágba való belépés lehetőségeit. A tramphajózás, ahol a hajók a kereslet függvényében közlekedtek kikötőről kikötőre, várható volt, hogy idővel teret veszít a vonalhajókkal szemben. 1928. július 12-én a Leise Mærsk nevű hajó elindult Baltimore-ból első útjára az amerikai keleti partról a Panama-csatornán keresztül a Távol-Keletre és vissza. A rakomány Ford autóalkatrészekből és egyéb általános rakományból állt. Ez jelentette a Maersk hajózási szolgáltatásainak kezdetét. A Maersk Line a második világháborút követően 1946-ban kezdett növekedni az Amerika és Európa közötti áruszállítással, majd 1950-ben bővítette szolgáltatásait. 1956. április 26-án vezették be az óceáni konténerszállítást, amikor az SS Ideal X fedélzetén egy Sea-Land konténert szállítottak a New Jersey állambeli Port Newarkból a texasi Houstonba. 1967-ben az angol P&O fuvarozó részt vett az első európai kezdeményezésben, amely négy társaság vonalhajózási szolgáltatásait egyesítette az új Overseas Containers Limited (OCL) társaságba. Mind a Sea-land, mind a P&O később a Maersk Line tulajdonába került, amikor 1999 és 2005 között bővítette tevékenységét.
1999-ben a Maersk megállapodást kötött a Safmarine Container Lines (SCL) és a hozzá kapcsolódó vonalhajózási tevékenységek megvásárlásáról a South African Marine Corporation Limited-től (Safmarine). Az akvizíció idején a Safmarine Container Lines körülbelül 50 vonalhajót és körülbelül 80 000 konténerből álló flottát üzemeltetett. A vállalat összesen tíz útvonalat fedett le, és teljes mértékben kiegészítette a Maersk Line meglévő hálózatát. A Safmarine Container Lines önálló egységként csatlakozott az A.P. Moller – Maersk Csoporthoz, saját vonalhajózási tevékenységgel.
1999. december 10-én az A.P. Moller Csoport felvásárolta a SeaLand Service Inc. nemzetközi konténerüzletágát. Az üzletágat integrálták az A.P. Moller Csoport vállalataiba, és az integráció részeként a Maersk Line neve Maersk Sealand-ra változott. A felvásárlás 70 hajót, közel 200 000 konténert, valamint terminálokat, irodákat és ügynökségeket foglalt magában világszerte.
2005 májusában a Maersk bejelentette, hogy 2,3 milliárd euróért megvásárolja a P&O Nedlloydot. A felvásárlás idején a P&O Nedlloyd a globális iparági piaci részesedés 6%-ával, a Maersk-Sealand pedig 12%-ával rendelkezett. Az egyesített vállalat a világpiaci részesedés mintegy 18%-át szerezné meg. A Maersk 2005. augusztus 13-án zárta le a vállalat felvásárlását, a Royal P&O Nedlloyd részvényei szeptember 5-én megszüntették a kereskedést. 2006 februárjában az új egyesült vállalat felvette a “Mærsk Line”
Az A.P. Mollerbe való beolvadásakor a vállalat több mint 160 hajóból álló flottát birtokolt és bérelt. A saját és bérelt hajókból álló konténerflottája 635 000 húsz láb egyenértékű egység (TEU) kapacitással rendelkezett. A Royal P&O Nedlloyd N.V. 146 országban 13.000 alkalmazottat foglalkoztatott.
2006 végére a Maersk globális piaci részesedése 18,2%-ról 16,8%-ra csökkent, ugyanakkor a következő két legnagyobb fuvarozó növelte piaci részesedését, az MSC 8,6%-ról 9,5%-ra, a CMA CGM pedig 5,6%-ról 6,5%-ra. 2008 januárjában a Maersk Line drasztikus átszervezési intézkedéseket jelentett be.
2015 novemberében a vártnál gyengébb eredmények után a Maersk Line bejelentette, hogy 2017-ig 4000 alkalmazottat bocsát el. A csoport közölte, hogy a következő két évben 250 millió dollárral csökkenti éves adminisztrációs költségeit, és 2015 negyedik negyedévében 35 menetrend szerinti utat töröl az év elején törölt négy menetrend szerinti hajóútján felül.
2015 októberében a Maersk Line a leányvállalataival, mint a Seago, MCC, Safmarine és SeaLand, együttesen a teljes konténerszállítási piac 18%-át ellenőrzi.
2017. december 1-je óta a Hamburg Süd már a vállalat része.
Már a Hamburg Süd is a vállalat része.