Au début des années 1920, A.P. Moller a envisagé les possibilités de se lancer dans le commerce de ligne. On s’attendait à ce que le tramp trade, où les navires naviguaient de port en port en fonction de la demande, perde du terrain au profit des liners à terme. Le 12 juillet 1928, le navire Leise Mærsk a quitté Baltimore pour son premier voyage de la côte est américaine vers l’Extrême-Orient, via le canal de Panama, et retour. La cargaison se composait de pièces détachées de voitures Ford et d’autres marchandises diverses. Cela annonçait le début des services de transport maritime de Maersk. Après la Seconde Guerre mondiale, Maersk Line a commencé à se développer en 1946 en transportant des marchandises entre l’Amérique et l’Europe, avant d’étendre ses services en 1950. Le 26 avril 1956, le transport de conteneurs par voie maritime a été introduit avec l’expédition d’un conteneur Sea-Land à bord du SS Ideal X de Port Newark, New Jersey, à Houston, Texas. En 1967, le transporteur anglophone P&O a fait partie de la première initiative européenne, un regroupement des services de ligne de quatre compagnies, au sein de la nouvelle société Overseas Containers Limited (OCL). Sea-land et P&O seront plus tard repris par Maersk Line lors de l’expansion de ses activités entre 1999 et 2005.
En 1999, Maersk a conclu un accord sur l’acquisition de Safmarine Container Lines (SCL) et de ses activités de ligne connexes auprès de South African Marine Corporation Limited (Safmarine). Au moment de l’acquisition, Safmarine Container Lines exploitait environ 50 navires de ligne et une flotte d’environ 80 000 conteneurs. Elle couvrait un total de dix trafics et complétait pleinement le réseau existant de Maersk Line. Safmarine Container Lines a rejoint le groupe A.P. Moller – Maersk en tant qu’unité indépendante avec ses propres activités de ligne.
Le 10 décembre 1999, le groupe A.P. Moller a acquis les activités internationales de conteneurs de SeaLand Service Inc. L’entreprise a été intégrée aux sociétés du groupe A.P. Moller et, dans le cadre de cette intégration, Maersk Line a changé de nom pour devenir Maersk Sealand. L’acquisition comprenait 70 navires, près de 200 000 conteneurs ainsi que des terminaux, des bureaux et des agences dans le monde entier.
En mai 2005, Maersk a annoncé son intention d’acheter P&O Nedlloyd pour 2,3 milliards d’euros. Au moment de l’acquisition, P&O Nedlloyd détenait 6 % de la part de marché de l’industrie mondiale, et Maersk-Sealand, 12 %. L’entreprise combinée représenterait environ 18 % de la part du marché mondial. Maersk a achevé le rachat de la société le 13 août 2005, les actions de Royal P&O Nedlloyd ont cessé d’être négociées le 5 septembre. En février 2006, la nouvelle entité combinée a adopté le nom de « Mærsk Line »
Au moment où la société a été repliée dans A.P. Moller, elle possédait et affrétait une flotte de plus de 160 navires. Sa flotte de conteneurs, composée de navires en propriété et en location, avait une capacité de 635 000 équivalents vingt pieds (EVP). Royal P&O Nedlloyd N.V. comptait 13 000 employés dans 146 pays.
À la fin de 2006, la part de marché mondiale de Maersk avait chuté de 18,2 % à 16,8 %, dans le même temps, les deux transporteurs suivants ont augmenté leur part de marché, MSC est passé de 8,6 % à 9,5 % et CMA CGM de 5,6 % à 6,5 %. En janvier 2008, Maersk Line a annoncé des mesures de réorganisation drastiques.
En novembre 2015, après des résultats inférieurs aux attentes, Maersk Line a annoncé sa décision de licencier 4000 employés d’ici 2017. Le groupe a déclaré qu’il réduirait ses frais d’administration annuels de 250 millions de dollars au cours des deux prochaines années et qu’il annulerait 35 voyages prévus au cours du quatrième trimestre 2015, en plus des quatre navigations régulières qu’il a annulées plus tôt dans l’année.
En octobre 2015, Maersk Line ainsi que ses filiales telles que Seago, MCC, Safmarine et SeaLand, contrôlent une part combinée de 18% du marché total du transport maritime par conteneurs.
Depuis le 1er décembre 2017, Hamburg Süd fait déjà partie de la société.