Majoritatea populației Sudanului este musulmană, aparținând în proporție covârșitoare ramurii sunnite. Islamul sunnit în Sudan, ca și în mare parte din restul Africii, a fost caracterizat prin formarea de tarīqahs, sau frății religioase musulmane. Cea mai veche dintre aceste tarīqahs este Qādiriyyah, care a fost introdusă în regiunea Sudanului din Orientul Mijlociu în secolul al XVI-lea. O altă tarīqah importantă este Khatmiyyah, sau Mīrghaniyyah, care a fost fondată de Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī la începutul secolului al XIX-lea. Poate că cel mai puternic și cel mai bine organizat tarīqah este Mahdiyyah; adepții săi au condus o revoltă de succes împotriva regimului turco-egiptean (1821-85) și au înființat un stat independent în Sudan care a durat din 1884 până în 1898. Mahdiyyah și tarīqah-urile Mahdiyyah și Khatmiyyah au stat la baza partidelor politice care au apărut în Sudan în anii 1940 și au continuat să joace un rol dominant în politica națiunii în perioada de după independență.
Un mic procent din populația Sudanului urmează religiile tradiționale animiste, în special în Munții Nuba. Deși acești animiști împărtășesc unele elemente comune de credință religioasă, fiecare grup etnic are propria sa religie autohtonă. Practic, toate religiile tradiționale africane din Sudan au în comun concepția unui spirit înalt sau a unei divinități, de obicei un zeu creator. Există două concepții ale universului: cea terestră și cea cerească, sau cea vizibilă și cea invizibilă. Lumea cerească este văzută ca fiind populată de ființe spirituale a căror funcție este de a servi ca intermediari sau mesageri ai lui Dumnezeu; în cazul niloților, aceste spirite sunt identificate cu strămoșii lor. Divinitatea supremă este obiectul unor ritualuri care folosesc muzica și dansul.
Creștinii reprezintă o altă mică parte a populației. Creștinismul a ajuns pentru prima dată în Sudan în jurul secolului al VI-lea e.n., iar timp de secole după aceea bisericile creștine au înflorit în vechiul regat al Nubiei. După instaurarea dominației musulmane în Egipt și mai târziu a migrațiilor arabe în Sudan, creștinismul a declinat în Nubia și a fost înlocuit treptat de islam; procesul a fost complet la sfârșitul secolului al XV-lea. Creștinismul din Sudanul de astăzi este un produs al eforturilor misionare europene care au început în a doua jumătate a secolului al XIX-lea. Majoritatea acestor eforturi au fost concentrate în Munții Nuba, mai degrabă decât printre musulmanii din nord.
.