Cazul 1
Un pacient cu cancer esofagian care a fost diagnosticat cu S. haliotis inflamație pulmonară.
Un pacient de sex masculin în vârstă de 68 de ani a fost internat la spitalul popular din orașul Liaocheng, China, la 24 iulie 2016, din cauza „hematemesis timp de 4 ore”. El fusese diagnosticat cu operația de cancer esofagian de mai bine de 2 ani. Examenele sale fizice admise au fost: temperatura corpului de 36,3 °C, pulsul de 92 de bătăi/min, respirația de 22 de ori/min și tensiunea arterială de 135/80 mmHg. Lărgirea nepalpabilă a ganglionilor limfatici bilaterali de la nivelul gâtului și supraclavicular, traheea în mijloc, simetrie pectorală, cicatrici vizibile la nivelul toracelui drept, sunet clar de percuție la nivelul plămânului dublu, auscultație a sunetului respirator grosier, fără raluri uscate și umede, ritm regulat, percuție fără durere în zona rinichilor, negativ pentru matitate de deplasare și sunete intestinale de 3 ori/min. Diagnosticul de internare a fost cancer esofagian după operație și hipertensiune arterială. La internare, au fost efectuate examene auxiliare pentru a determina sursa hematemesei. S-a efectuat gastroscopia nedureroasă, dar nu s-au observat anomalii evidente. Examenul bronhoscopic nedureros a evidențiat o hemoragie în segmentul bazal posterior al lobului inferior stâng. Patologia prin periaj nu a indicat celule tumorale evidente. Tomografia computerizată îmbunătățită toracică și abdominală a arătat că avea o operație esofagiană, bronșită și emfizem, noduli în lobul mijlociu al plămânului drept, leziuni interstițiale în lobul superior drept și lobul inferior stâng și inflamația lobului inferior al plămânului stâng. I s-au administrat medicamente (3 g de cefoperazonă/sulbactam a fost administrat de două ori pe zi timp de 6 zile) și terapie anticancerigenă, antiinflamatoare, de rehidratare și hemostază. După șase zile de tratament, simptomele s-au ameliorat și pacientul a fost externat din spital.
Lichidul de lavaj bronhoalveolar (BALF) a fost recoltat atunci când a beneficiat de un examen bronhoscopic nedureros, iar numărul de celule a fost de peste 104 ufc/ml. Proba a fost inoculată în striuri pe mediu agar sânge pentru cultura bacteriană. Tulpinile cu caracteristici fenotipice diferite la plăcile de sânge au fost izolate și identificate ca fiind S. alge, Escherichia coli și Klebsiella pneumoniae cu ajutorul sistemului VITEK 2 utilizând cardul ID-GN (boiMérieux). Deoarece doar două specii de Shewanella, S. putrefaciens și S. algae, au fost înregistrate în baza de date a sistemului VITEK 2, secvența genei ARNr 16S a fost amplificată printr-o PCR descrisă anterior . Produsul PCR a fost secvențiat, iar secvența nucleotidică a fost depusă la GenBank, cu numărul de acces MF589233. Analiza BLAST a secvenței genei 16S ARNr în GenBank a arătat o similaritate de 99,0% cu tulpina tip de S. haliotis DW01 (numere de acces NR_117770.1). O analiză filogenetică suplimentară cu toate secvențele tip ale speciilor de Shewanella disponibile în baza de date GenBank a confirmat că tulpina a fost identificată ca specie de S. haliotis (LC2016-1 în Fig. 1).
Arbore filogenetic construit prin metoda de îmbinare a vecinilor pe baza secvențelor nucleotidice ale genei ARNr 16S. Arborele filogenetic a fost construit pe baza unei alinieri de 1427 nt și au fost incluse toate tulpinile tip cunoscute ale speciei Shewanella. Numerele de la noduri au indicat valorile bootstrap (procentul de 1000 de replici). Bară, 10 substituții pe poziție nucleotidică. Fonturile negre au indicat tulpinile din cazul I și II. Numerele de acces GenBank ale secvențelor genei 16S ARNr au fost indicate între paranteze. Triunghiul negru era format din cincizeci și patru de specii de Shewanella. Numele speciilor și numerele de acces GenBank ale secvențelor genei 16S rRNA au fost enumerate în Fișierul suplimentar 1: Tabelul S1
Pentru a confirma în continuare compoziția și bogăția comunității bacteriene din BALF, proba a fost supusă secvențierea ampliconului 16S rRNA . Rezultatul a indicat că compoziția comunității bacteriene a inclus genurile Shewanella (88,34%), Escherichia (11,11%) și Streptococcus (0,38%), et al., în timp ce genul majoritar a fost Shewanella.
Testarea sensibilității la antibiotice a fost efectuată prin metoda microdiluției pe bulion Mueller-Hinton. Tulpina a fost sensibilă la piperacilină/tazobactam (concentrația minimă inhibitorie, CMI: 8 μg/ml), ceftazidimă (1 μg/ml), cefepime (1 μg/ml), amikacină (2 μg/ml), gentamicină (1 μg/ml), imipenem (4 μg/ml), meropenem (4 μg/ml), dar a fost rezistentă la ciprofloxacină (8 μg/ml) și levofloxacină (8 μg/ml).
Cazul 2
Un pacient cu cancer gastric care a fost diagnosticat cu bacteriemie cu S. algae.
Un bărbat în vârstă de 56 de ani a fost internat la spitalul popular din orașul Liaocheng, China, pe 6 oct. 2016, din cauza „disconfortului de dureri abdominale superioare timp de 1 lună”. Examenul său fizic de admitere a inclus o temperatură corporală de 36,1 grade, un puls de 72 bătăi/minut, respirație de 18 ori/minut și tensiune arterială de 140/90 mmHg. S-a detectat o mărire nepalpabilă a ganglionilor limfatici bilaterali de la nivelul gâtului și supraclavicular, abdomen plat, nu s-au observat unde gastrointestinale sau peristaltice. S-au raportat mușchi abdominali moi, sensibilitate ușoară în partea superioară a abdomenului și nicio durere evidentă de rebound. Ficatul și splina nu se atingeau sub coastă și nu a fost descoperită nicio masă palpabilă. Negativ pentru tembelismul de deplasare, s-au detectat sunete intestinale normale și nicio anomalie a examenului rectal. Gastroscopul a sugerat leziuni ulceroase vizibile la nivel cardiac care implicau fundul gastric și corpul gastric. Rezultatele anatomopatologice au indicat adenocarcinom. Diagnosticele sale de internare au fost cancer gastric și hipertensiune arterială.
La internare, examinările auxiliare au fost efectuate pe 9 octombrie 2016. Laparoscopia a indicat că se afla în stadiul tardiv al tumorilor fără rezecție radicală. Apoi a primit chimioterapie intravenoasă și intraperitoneală, urmată de o supresie severă a măduvei osoase, cu celule sanguine și trombocite semnificativ mai mici decât cele normale. I s-a administrat un tratament suplimentar de antiinfecție, suport nutrițional, rehidratare, stimularea granulopoiezei și tratament simptomatic. La data de 26 octombrie 2016, pacienții au avut dificultăți de respirație, ritm cardiac și alte simptome cu sunete respiratorii pulmonare aspre și fără raluri, membrele reci. A fost considerată existența unui șoc septic. I s-a administrat ventilație mecanică neinvazivă și expansiune a fluidelor, coloid, produse de transfuzie sanguină, antiinfecție (1 g de imipenem a fost administrat la fiecare 8 h timp de 7 zile), menținerea circulației, suprimarea acidității, protecția ficatului, suport nutrițional, menținerea echilibrului acido-bazic al apei și electroliților, monitorizarea tensiunii arteriale, a frecvenței cardiace, a funcției respiratorii, a volumului orar de urină și a sângerării. Pacientul a avut o infecție severă și prezența unui sindrom de disfuncție multiplă a organelor (respirație, circulație, gastrointestinal, sânge și rinichi). Pacientul și membrii familiei sale au solicitat externarea automată pentru îngrijiri paliative. Diagnosticele sale de externare au fost sindrom de disfuncție multiplă de organ (respiratorie, circulatorie, gastrointestinală, sanguină și renală), cancer gastric și hipertensiune arterială.
După apariția șocului septic, i s-a prelevat o probă de hemocultură pentru a separa bacteriile. Creșterea microbiană a fost detectată atât în sticlele anaerobe, cât și în cele aerobe, iar timpul raportat pozitiv a fost de 8,1 și, respectiv, 11,9 h. Ambele sticle au dat un bacil Gram-negativ uniform. După 24 h de incubare, pe agar sânge s-au dezvoltat colonii galbene hemolitice, pozitive la oxidază. Tulpina a fost identificată ca fiind S. putrefaciens cu ajutorul sistemului VITEK 2 utilizând cardul ID-GN (boiMérieux). Secvența genei ARNr 16S a tulpinii a fost depusă la GenBank (număr de acces: MF589234). Analiza BLAST la GenBank a arătat o similitudine de 100,0 % cu tulpina S. upenei VITVAGJ (număr de acces KP090164.1). O analiză filogenetică ulterioară cu toate secvențele tip ale speciilor de Shewanella disponibile în baza de date GenBank a confirmat că tulpina aparținea speciei S. upenei (LC2016-5 în Fig. 1). În ziua prelevării sângelui, lichidul său de drenaj peritoneal a fost, de asemenea, colectat și cultivat folosind aceleași metode de identificare, iar rezultatele identificării bacteriene și ale sensibilității la medicamente au fost în concordanță cu cele ale sângelui.
Testarea sensibilității la antibiotice a fost efectuată prin metoda microdiluției pe bulion Mueller-Hinton. Tulpina a fost sensibilă la aztreonam (1 μg/ml), ceftazidimă (1 μg/ml), cefepime (1 μg/ml), amikacină (2 μg/ml), gentamicină (1 μg/ml) și levofloxacină (1 μg/ml), dar a fost intermediar față de imipenem (8 μg/ml), piperacilină/tazobactam (64 μg/ml) și ciprofloxacină (2 μg/ml).