În iunie 1905, lui Witte i s-a cerut să negocieze încheierea războiului ruso-japonez. Nicolae al II-lea a fost mulțumit de prestația sa și a fost adus în guvern pentru a ajuta la rezolvarea tulburărilor industriale care au urmat duminicii sângeroase. Witte a subliniat: „Cu multe naționalități, multe limbi și o națiune în mare parte analfabetă, minunea este că țara poate fi ținută împreună chiar și prin autocrație. Țineți minte un lucru: dacă guvernul țarului cade, veți asista la un haos absolut în Rusia și vor trece mulți ani lungi până când veți vedea un alt guvern capabil să controleze amestecul care formează națiunea rusă.” (13)
Emile J. Dillon, un jurnalist care lucra pentru Daily Telegraph, a fost de acord cu analiza lui Witte: „Witte… m-a convins că orice revoluție democratică, oricât de pașnic s-ar realiza, ar deschide larg porțile forțelor anarhismului și ar destrăma imperiul. Iar o privire la simpla juxtapunere mecanică – nu se poate numi uniune – a unor elemente atât de conflictuale între ele, cum erau secțiunile și diviziunile etnice, sociale și religioase ale supușilor țarului, ar fi adus acest adevăr evident în mintea oricărui student imparțial și atent la politică.” (14)
În octombrie 1905, feroviarii au intrat într-o grevă care a paralizat întreaga rețea feroviară rusă. Aceasta s-a transformat într-o grevă generală. Leon Troțki și-a amintit mai târziu: „După 10 octombrie 1905, greva, acum cu sloganuri politice, s-a răspândit de la Moscova în toată țara. O astfel de grevă generală nu mai fusese văzută nicăieri până atunci. În multe orașe au avut loc ciocniri cu trupele”. (15)
Witte vedea doar două opțiuni deschise pentru Trar; „fie trebuie să se pună în fruntea mișcării populare pentru libertate, făcându-i concesii, fie trebuie să instaureze o dictatură militară și să reprime prin forța goală pentru întreaga opoziție”. Cu toate acestea, el a subliniat că orice politică de represiune ar duce la „vărsări de sânge în masă”. Sfatul său a fost ca țarul să ofere un program de reforme politice. (16)
Nicholas a scris în jurnalul său: „În toate aceste zile oribile, m-am întâlnit constant cu Witte. Ne întâlneam foarte des dimineața devreme pentru a ne despărți abia seara, când se lăsa noaptea. Nu existau decât două căi deschise; să găsim un soldat energic și să zdrobim rebeliunea prin forța pură. Asta ar fi însemnat râuri de sânge, iar în cele din urmă am fi ajuns acolo de unde am fi pornit. Cealaltă cale de ieșire ar fi fost să le acordăm oamenilor drepturile lor civile, libertatea de exprimare și de presă, de asemenea, să avem legi conformate de o Dumă de Stat – care, desigur, ar fi o constituție. Witte apără acest lucru foarte energic.” (17)
Gran Duce Nikolai Romanov, văr de-al doilea al țarului, a fost o figură importantă în armată. El a fost foarte critic față de modul în care țarul a abordat aceste incidente și a fost în favoarea genului de reforme susținute de Serghei Witte: „Guvernul (dacă există unul) continuă să rămână într-o inactivitate completă… un spectator stupid al valului care, încetul cu încetul, înghite țara”. (18)
La 22 octombrie 1905, Serghei Witte a trimis un mesaj țarului: „Mișcarea actuală pentru libertate nu este de nouă naștere. Rădăcinile ei sunt înrădăcinate în secole de istorie rusă. Libertatea trebuie să devină sloganul guvernului. Nu există nicio altă posibilitate de salvare a statului. Marșul progresului istoric nu poate fi oprit. Ideea libertății civile va triumfa dacă nu prin reformă, atunci pe calea revoluției. Guvernul trebuie să fie pregătit să procedeze după liniile constituționale. Guvernul trebuie să se străduiască în mod sincer și deschis pentru bunăstarea statului și nu să se străduiască să protejeze acest sau acel tip de guvernare. Nu există alternativă. Guvernul trebuie fie să se plaseze în fruntea mișcării care a pus stăpânire pe țară, fie să o abandoneze forțelor elementare pentru a o face bucăți.” (19)
La sfârșitul acelei luni, Leon Troțki și alți menșevici au înființat Sovietul din Sankt Petersburg. Pe 26 octombrie, prima ședință a sovietului a avut loc la Institutul Tehnologic. La ea au participat doar patruzeci de delegați, deoarece majoritatea fabricilor din oraș au avut timp să-și aleagă reprezentanții. Acesta a publicat o declarație care susținea: „În următoarele câteva zile, în Rusia vor avea loc evenimente decisive, care vor determina pentru mulți ani soarta clasei muncitoare din Rusia. Trebuie să fim pe deplin pregătiți pentru a face față acestor evenimente uniți prin Sovietul nostru comun”. (20)
În următoarele câteva săptămâni, peste 50 de astfel de soviete au fost formate în toată Rusia, iar aceste evenimente au devenit cunoscute sub numele de Revoluția din 1905. Witte a continuat să îl sfătuiască pe țar să facă concesii. Marele Duce Nikolai Romanov a fost de acord și l-a îndemnat pe țar să introducă reforme. Țarul a refuzat și, în schimb, i-a ordonat să își asume rolul de dictator militar. Marele Duce și-a scos pistolul și a amenințat că se va împușca pe loc dacă țarul nu va aproba planul lui Witte. (21)
La 30 octombrie, țarul a acceptat cu reticență să publice detaliile reformelor propuse, care au devenit cunoscute sub numele de Manifestul din octombrie. Acesta a acordat libertatea de conștiință, de exprimare, de întrunire și de asociere. De asemenea, a promis că, pe viitor, oamenii nu vor mai fi încarcerați fără proces. În cele din urmă, a anunțat că nicio lege nu va deveni operațională fără aprobarea Dumei de Stat. S-a subliniat că „Witte a vândut noua politică cu toată forța de care dispunea”. De asemenea, a făcut apel la proprietarii ziarelor din Rusia să „mă ajute să calmez opiniile”. (22)
Aceste propuneri au fost respinse de Sovietul din Sankt Petersburg: „Ni se dă o constituție, dar absolutismul rămâne… Proletariatul revoluționar în luptă nu poate depune armele până când drepturile politice ale poporului rus nu vor fi așezate pe o bază solidă, până când nu va fi înființată o republică democratică, cea mai bună cale pentru continuarea progresului spre socialism”. (23) Țarul l-a acuzat pe Witte pentru acest lucru și a scris în jurnalul său: „Atâta timp cât voi trăi, nu voi mai avea niciodată încredere în acel om (Witte) cu cel mai mic lucru”. (24)
La aflarea veștii publicării Manifestului din octombrie, părintele Georgi Gapon s-a întors în Rusia și a încercat să obțină permisiunea de a redeschide Adunarea Muncitorilor Ruși din Sankt Petersburg. Cu toate acestea, Serghei Witte a refuzat să se întâlnească cu el. În schimb, i-a trimis un mesaj în care îl amenința că îl va aresta dacă nu părăsește țara. Acesta era dispus să ofere o înțelegere care presupunea ca Gapon să iasă în mod deschis în sprijinul lui Witte și să condamne orice activitate insurecțională ulterioară împotriva regimului. În schimb, i s-a promis că, după încheierea crizei, lui Gapon i se va permite să se întoarcă în Rusia și că își va putea continua activitățile sindicale. (25)
Țarul a decis să ia măsuri împotriva revoluționarilor. Troțki a explicat mai târziu că: „În seara zilei de 3 decembrie, Sovietul din Sankt Petersburg a fost înconjurat de trupe. Toate ieșirile și intrările au fost închise”. Leon Troțki și ceilalți lideri ai Sovietului au fost arestați. Troțki a fost exilat în Siberia și a fost privat de toate drepturile civile. Troțki a explicat că a învățat o lecție politică importantă: „greva muncitorilor a îngenuncheat pentru prima dată țarismul”. (26)
Georgi Gapon și-a respectat partea sa de înțelegere. Ori de câte ori a fost posibil, el a dat interviuri de presă în care îl lăuda pe Serghei Witte și făcea apel la moderație. Biograful lui Gapon, Walter Sablinsky, a subliniat: „Acest lucru, bineînțeles, i-a adus denunțuri vehemente din partea revoluționarilor… Dintr-o dată, eroul revoluționar devenise un apărător înflăcărat al guvernului țarist”. Furia a crescut atunci când a devenit clar că Witte era hotărât să pacifice țara prin forță și toți liderii revoluționari au fost arestați. (27)