Život rostlin
Vrchní (jižní), relativně vlhká část povodí je pokryta savanou (travnaté plochy s porosty stromů), tzv. cerrados, a smíšenými lesy stálezelených a listnatých stromů. Mezi tvrdé dřeviny patří jacaranda, brazilský cedr (cedro) a vinhatico; rostou zde také kaktusy košenila, aloe a vanilka. Pro střední část povodí je charakteristická vegetace caatinga (z tupíjsko-guaraníjského slova znamenajícího „bílý les“), což je oblast zakrslého, často trnitého lesa. Mezi dominantní dřeviny patří luštěniny catingueiras a juremas, zástupci rodu euphorbia (ostrožka) a barriguda (palmovitý strom z čeledi Bombacaceae); podrost tvoří bromélie (rostliny s bazálními, často ostnitými listy) a nejrůznější kaktusy. Mezi hospodářsky užitečné druhy patří karoa, využívaná pro svá vlákna, ricinovník, palmy olejná, karnaubská a datlová, kešu a kaučukovník.
Zóna pádu leží v suchém brazilském vnitrozemí, známém jako sertão. Malé množství srážek v této oblasti umožňuje růst pouze xerofytních (suchu odolných) křovin a trav. V suchých lesích na kopcovitých vyvýšeninách rostou palmy karnauba a babassu a rostliny jako kaktus, skalní růže a rododendron. Jednou z neobvyklých rostlin oblasti sertão je stálezelený aveloz, který dorůstá výšky 15 až 20 metrů a používá se jako živý plot k vyznačení hranic polí. Podzemní voda v této oblasti je často příliš slaná na zavlažování nebo pití.
Dolní tok São Francisco protéká záplavovou oblastí s jemnými bahnitými půdami a daří se zde tropickému poloopadavému lesu. Většina původní vegetace, která rostla podél řeky, však byla vykácena pro zemědělství.