Gen malé podjednotky (SSU) 18S rRNA je jedním z nejčastěji používaných genů ve fylogenetických studiích a důležitým markerem pro náhodnou cílovou polymerázovou řetězovou reakci (PCR) při screeningu biodiverzity životního prostředí. Obecně jsou sekvence genu rRNA snadno dostupné díky vysoce konzervovaným doprovodným oblastem, které umožňují použití univerzálních primerů. Jejich opakující se uspořádání v genomu poskytuje nadměrné množství templátové DNA pro PCR, a to i u nejmenších organismů. Gen 18S je součástí ribozomálního funkčního jádra a je vystaven podobným selekčním silám u všech živých bytostí. Proto když byly publikovány první rozsáhlé fylogenetické studie založené na sekvencích 18S (např. Field et al., 1988), byl tento gen oslavován jako hlavní kandidát pro rekonstrukci stromu života metazoí. Sekvence 18S později poskytly důkazy pro rozdělení kladů Ecdysozoa a Lophotrochozoa (monofyletická skupina organismů složená ze společného předka a všech jeho lineárních potomků), čímž přispěly k nejnovější revoluční změně v našem chápání vztahů mezi metazoany.
V průběhu druhé poloviny roku 2000 a s rostoucím počtem taxonů zahrnutých do molekulárních fylogenezí se však projevily dva problémy. Za prvé, u zástupců některých taxonů, jako jsou třídy měkkýšů Solenogastres a Tryblidia, vybrané taxony mlžů a záhadná třída korýšů Remipedia, převažují překážky v sekvenování. Neúspěch při získávání sekvencí 18S jednotlivých taxonů je považován za běžný jev, ale je uváděn jen zřídka. Za druhé, v rozporu s původně velkými nadějemi, 18S nedokáže rozlišit uzly na všech taxonomických úrovních a jeho účinnost se u jednotlivých kladů značně liší. To bylo diskutováno jako důsledek rychlé starobylé radiace během krátkého období. V současné době se má za to, že multigenové analýzy poskytují spolehlivější výsledky pro sledování událostí hlubokého větvení u Metazoa, ale 18S se stále hojně používá ve fylogenetických analýzách
.