Hypogeální klíčení znamená, že listeny zůstávají pod zemí. Epikotyl (část stonku nad listenem) roste, zatímco hypokotyl (část stonku pod listenem) zůstává stejně dlouhý. Tímto způsobem epikotyl vytlačuje plůdek nad zem.
Normálně je listenec masitý a obsahuje mnoho živin, které se využívají pro klíčení.
Protože listeny zůstávají pod zemí, jsou mnohem méně zranitelné například nočním mrazem nebo pastvou. Evoluční strategie spočívá v tom, že rostlina produkuje relativně malý počet semen, ale každé semeno má větší šanci na přežití.
Rostliny, které vykazují hypogeální klíčení, potřebují ke svému růstu relativně málo vnějších živin, proto se častěji vyskytují na půdách chudých na živiny. Rostliny také potřebují méně slunečního světla, proto je častěji najdeme uprostřed lesů, kde je velká konkurence o přístup slunečního světla.
Rostliny, které vykazují hypogeální klíčení, rostou relativně pomalu, zejména v první fázi. V oblastech, které jsou pravidelně zaplavovány, potřebují k vývoji více času mezi záplavami. Na druhou stranu jsou odolnější, když dojde k zaplavení. Po pomalejší první fázi se rostlina vyvíjí rychleji než rostliny, které vykazují epigeální klíčení.
Je možné, že v rámci jednoho rodu jeden druh vykazuje hypogeální klíčení, zatímco jiný druh vykazuje epigeální klíčení. Některé rody, u nichž k tomu dochází, jsou:
- Phaseolus: fazol obecný (Phaseolus coccineus) vykazuje hypogeální klíčení, zatímco fazol obecný (Phaseolus vulgaris) vykazuje epigeální klíčení
- Lilium: viz typy klíčení semen lilií
- Araucaria: druhy ze sekce Araucaria vykazují hypogeální klíčení, zatímco druhy ze sekce Eutacta vykazují epigeální klíčení