Většina obyvatel Súdánu jsou muslimové, kteří se hlásí převážně k sunnitské větvi. Pro sunnitský islám v Súdánu, stejně jako ve většině ostatních afrických zemí, je charakteristické vytváření taríq neboli muslimských náboženských bratrstev. Nejstarší z těchto taríq je Qādiriyyah, která byla do oblasti Súdánu přivezena ze Středního východu v 16. století. Další významnou taríqou je Chatmiyyah neboli Mīrghaniyyah, kterou založil Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī na počátku 19. století. Pravděpodobně nejmocnější a nejlépe organizovanou taríqou je Mahdíja; její stoupenci vedli úspěšné povstání proti turecko-egyptskému režimu (1821-85) a založili v Súdánu nezávislý stát, který trval od roku 1884 do roku 1898. Mahdíjské a chátmijské taríqy vytvořily základ politických stran, které se v Súdánu objevily ve 40. letech 19. století a v období po získání nezávislosti nadále hrály dominantní roli v národní politice.
Malé procento obyvatel Súdánu vyznává tradiční animistické náboženství, zejména v pohoří Nuba. Ačkoli tito animisté sdílejí některé společné prvky náboženské víry, každá etnická skupina má své vlastní původní náboženství. Prakticky všechna tradiční africká náboženství v Súdánu sdílejí představu vysokého ducha nebo božstva, obvykle boha stvořitele. Existují dvě představy o vesmíru: pozemský a nebeský neboli viditelný a neviditelný. Nebeský svět je vnímán jako obydlený duchovními bytostmi, jejichž úkolem je sloužit jako prostředníci nebo poslové boha; v případě Nilotů jsou tito duchové ztotožňováni s jejich předky. Nejvyšší božstvo je předmětem rituálů využívajících hudbu a tanec.
Křesťané tvoří další malou část populace. Křesťanství se do Súdánu poprvé dostalo kolem 6. století n. l. a po staletí poté ve starověkém království Núbie vzkvétaly křesťanské kostely. Po nastolení muslimské vlády v Egyptě a pozdější arabské migraci do Súdánu křesťanství v Núbii upadalo a bylo postupně nahrazováno islámem; tento proces byl dokončen koncem 15. století. Dnešní křesťanství v Súdánu je výsledkem evropského misionářského úsilí, které začalo v druhé polovině 19. století. Většina těchto snah se soustředila spíše v Núbijských horách než mezi muslimy na severu země.
.