Společný personál:
- Kate Reardon, výzkumný mikrobiolog
- Katherine Son, fyzikální vědecký technik
- Vacant, výzkumný pracovník, mikrobiolog (půdy)
- Vacant, laboratorní technik
- Vědci ARS-SWCR
Spolupracovníci:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Aktuální výzkumné projekty
Půdní mikrobi významně přispívají k oběhu živin a dostupnosti dusíku v zemědělských půdách. Můj výzkum se zaměřuje na to, jak strategie hospodaření s plodinami ovlivňují původní půdní mikrobiální společenstva a jaký vliv mají systémy pěstování plodin na dynamiku dusíku a uhlíku. Ve snaze porozumět těmto vlivům využíváme molekulární techniky ke kvantifikaci a identifikaci mikrobů včetně bakterií, hub, archeí a hlístic důležitých pro koloběh živin v zemědělských půdách. Analyzujeme také změny v množství genů potřebných pro určité mikrobiální funkce, jako je například koloběh dusíku. Analýzou funkčních genů, například genu kódujícího amoniakovou monooxygenázu, která katalyzuje první krok přeměny amoniaku na dusitany, můžeme usuzovat, jak strategie hospodaření, jako je střídání plodin nebo hnojení dusíkem, ovlivňují mikrobiální oxidaci amoniaku.
Možnosti molekulární biologie jsou v mikrobiologickém programu USDA-ARS v Pendletonu nové a v současné době zahrnují extrakci DNA/RNA, gelovou elektroforézu, PCR (polymerázovou řetězovou reakci), kvantitativní PCR, T-RFLP (pro stanovení změn v mikrobiální diverzitě, polymorfismus délky terminálních restrikčních fragmentů), sekvenování DNA a kvantifikaci DNA/RNA pomocí fluorescence nebo přístroje Bioanalyzer.
.