Politický systém Súdánské republiky byl restrukturalizován po vojenském převratu 30. června 1989, kdy Omar al-Bašír, tehdy brigádní generál súdánské armády, vedl skupinu důstojníků a svrhl vládu premiéra Sádika al-Mahdího. Pod al-Bašírovým vedením nová vojenská vláda pozastavila činnost politických stran a zavedla islámský právní kodex na celostátní úrovni. Poté se stal předsedou Revoluční velitelské rady národní spásy (nově zřízeného orgánu se zákonodárnými a výkonnými pravomocemi pro období, které bylo označováno jako přechodné) a převzal funkce šéfa státu, předsedy vlády, velitele ozbrojených sil a ministra obrany. Dále poté, co spolu s Hassanem al-Turabim institucionalizoval právo šaría v severní části země, vydal al-Bašír nařízení o čistkách a popravách ve vyšších armádních složkách, zákazu spolků, politických stran a nezávislých novin a uvěznění předních politických osobností a novinářů. V roce 1993 se Súdán změnil v islámský totalitní stát jedné strany, když al-Bašír zrušil Radu revolučního velení a vytvořil Národní islámskou frontu (NIF) s novým parlamentem a vládou složenou výhradně z členů NIF a prohlásil se prezidentem Súdánu. Výsledkem byla druhá súdánská občanská válka se Súdánskou lidovou osvobozeneckou armádou (SPLA), která se v následujících letech jen stupňovala.
V letech 1983-1997 byla země rozdělena na pět regionů na severu a tři na jihu, v jejichž čele stál vojenský guvernér. Po vojenském převratu v roce 1989 byla regionální shromáždění pozastavena. V roce 1993 byla zrušena Rada revolučního velení pro národní spásu a vládnoucí Národní islámská fronta (NIF) vytvořila Stranu národního kongresu (NCP), jejíž součástí se stali i někteří nemuslimští členové, především jihosúdánští politici, z nichž někteří byli jmenováni ministry nebo guvernéry jednotlivých států.
V roce 1997 byla struktura regionální správy nahrazena vytvořením šestadvaceti států. Vedení, kabinety a vyšší státní úředníci jsou jmenováni prezidentem a jejich omezené rozpočty jsou určovány a přidělovány z Chartúmu. Státy tak zůstávají ekonomicky závislé na centrální vládě. Stát Chartúm, zahrnující hlavní město a okrajové okresy, je spravován guvernérem.
Po podpisu Komplexní mírové dohody (CPA) v roce 2005 mezi vládou Umara al-Bašíra a Súdánským lidovým osvobozeneckým hnutím/armádou (SPLM/A) byla v Súdánu ustavena vláda národní jednoty v souladu s prozatímní ústavou, v níž byla vedle severosúdánského viceprezidenta zřízena i pozice druhého viceprezidenta zastupujícího jih. To umožnilo severu a jihu rozdělit si rovným dílem ropná ložiska, ale také ponechalo armády severu i jihu.
Po uzavření mírové dohody v Dárfúru byl úřad vyššího prezidentského poradce, čtvrtý nejvyšší ústavní post, přidělen Minni Minnawimu, Záhawovi ze Súdánské osvobozenecké armády (SLA) se sídlem v Dárfúru. Výkonné funkce byly rozděleny mezi Stranu národního kongresu (NCP), Súdánské lidové osvobozenecké hnutí/armádu (SPLM/A), Východní frontu a frakce strany Umma a Demokratické unionistické strany (DUP). Tato mírová dohoda s SPLM/A poskytla jižnímu Súdánu autonomii na šest let, po níž mělo v roce 2011 následovat referendum o nezávislosti. Podle nové ústavy z roku 2005 je oficiálním súdánským parlamentem dvoukomorový Národní zákonodárný sbor, který je rozdělen na dvě komory: Národní shromáždění, dolní komoru se 450 křesly, a Radu států, horní komoru s 50 křesly. Celkem se tedy parlament skládá z 500 jmenovaných poslanců, přičemž všichni jsou nepřímo voleni zákonodárnými sbory jednotlivých států na šestileté funkční období.
Přes mezinárodní zatykač byl Omar al-Bašír v roce 2010 znovu zvolen v súdánských prezidentských volbách, které byly po devíti letech prvními demokratickými volbami za účasti více politických stran. Jeho politickým soupeřem byl viceprezident Salva Kiir Mayardit, současný vůdce SPLA.
V prosinci 1999 vyvrcholil boj o moc mezi prezidentem Omarem al-Bašírem a Hassanem al-Turabim, zakladatelem NIF, islamistickým ideologem a předsedou parlamentu. Al-Turabi byl zbaven funkcí ve vládnoucí straně a vládě, parlament byl rozpuštěn, platnost ústavy pozastavena a prezidentským dekretem byl vyhlášen výjimečný stav. Po prezidentských a parlamentních volbách v prosinci 2000 byl v únoru 2001 obnoven parlament, ale zákony o výjimečném stavu v zemi zůstaly v platnosti. Přibližně ve stejné době byla vydána Černá kniha, rukopis západních disidentů podrobně popisující nadvládu severních národů. Al-Turabi byl v únoru 2001 zatčen a obviněn z ohrožení národní bezpečnosti a ústavního pořádku za to, že podepsal memorandum o porozumění s SPLM/A. Až do svého propuštění v roce 2005 byl umístěn ve vězení s maximální ostrahou.
V rámci dohody o ukončení druhé súdánské občanské války složilo 22. září 2005 přísahu devět členů SPLM/A a 16 členů vlády jako ministři, čímž vznikla první poválečná vláda národní jednoty. Inaugurace byla odložena kvůli sporům o to, komu připadnou jednotlivá portfolia, a v důsledku úmrtí viceprezidenta Johna Garanga. Strana Národní kongres si ponechala kontrolu nad klíčovými posty v oblasti energetiky, obrany, vnitra a financí, zatímco ministrem zahraničí se stal člověk jmenovaný SPLM. Viceprezident Salva Kiir údajně ustoupil ve sporu o to, kdo bude mít kontrolu nad životně důležitým ministerstvem energetiky a těžby, které se stará o těžbu súdánských ropných polí.
11. dubna 2019 byl al-Bašír a jeho vláda svrženi vojenským převratem vedeným jeho prvním viceprezidentem a ministrem obrany, který poté ustavil nyní vládnoucí vojenskou juntu. Následujícího dne Auf předal moc generálporučíkovi Abdelu Fattáhovi Abdelrahmanu Burhanovi.