Stejně jako jiné značky s krátkou afinitou (His-tag, FLAG-tag) lze Strep-tag snadno spojit s rekombinantními proteiny během subklonování jejich cDNA nebo genu. Pro jeho expresi jsou k dispozici různé vektory pro různé hostitelské organismy (E. coli, kvasinky, hmyzí a savčí buňky). Zvláštní výhodou Strep-tagu je jeho poměrně malá velikost a skutečnost, že je biochemicky téměř inertní. Proto neovlivňuje skládání nebo vylučování bílkovin a obvykle nezasahuje do jejich funkce. Strep-tag je zvláště vhodný pro analýzu funkčních proteinů, protože purifikační postup lze dodržet za fyziologických podmínek. To umožňuje nejen izolaci citlivých proteinů v nativním stavu, ale je také možné purifikovat neporušené proteinové komplexy, i když značku nese pouze jedna podjednotka.
V prvním kroku purifikačního cyklu Strep-tag se buněčný lyzát obsahující fúzní protein Strep-tag nanese na kolonu s imobilizovaným Strep-Taktinem (krok 1). Poté, co se značený protein specificky naváže na Strep-Taktin, se krátkým promytím fyziologickým pufrem (např. PBS) odstraní všechny ostatní hostitelské proteiny (krok 2). Důvodem je mimořádně nízká tendence k nespecifické vazbě proteinů. Poté se přečištěný fúzní protein Strep-tag jemně eluuje nízkou koncentrací desthiobiotinu, který specificky soutěží o vazebnou kapsu pro biotin (krok 3). Pro regeneraci kolony se desthiobiotin odstraní aplikací roztoku obsahujícího HABA (žluté azobarvivo). Odstranění desthiobiotinu je indikováno změnou barvy ze žlutooranžové na červenou (krok 4+5).Nakonec se roztok HABA promyje malým objemem běžícího pufru, čímž je kolona připravena k použití pro další purifikační cyklus.
.