V současné době se diskutuje o relativní roli extrakorporální litotrypse rázovou vlnou a perkutánní nefrostolitotomie. Obě léčebné metody jsou použitelné u většiny kamenů v horních močových cestách. Mezi oběma technikami však existují některé důležité rozdíly. Celkově je extrakorporální litotrypse rázovou vlnou spojena s významně nižší morbiditou než perkutánní nefrostolitotomie, ale míra osvobození od kamenů je u extrakorporální litotrypse rázovou vlnou nižší než u perkutánní nefrostolitotomie. Tento rozdíl je malý u ledvin s minimální zátěží kameny, ale zvyšuje se přímo úměrně s rostoucí zátěží kameny. Morbidita extrakorporální litotrypse rázovou vlnou se rovněž zvyšuje s rostoucí zátěží kameny. Při použití k léčbě staghornálních kamenů je morbidita obou technik srovnatelná, ale míra osvobození od kamenů je výrazně lepší u perkutánní nefrostolitotomie.
Litotrypse extrakorporální rázovou vlnou vyvolává v ledvině podobné změny jako při úrazu ledviny, které spočívají především v intraparenchymovém a perirenálním krvácení a edému. Zatímco akutní účinky extrakorporální litotrypse rázovou vlnou jsou většinou pacientů dobře snášeny, dlouhodobé následky této formy léčby nejsou dobře známy. Mezi potenciální dlouhodobé nežádoucí účinky, které byly hlášeny, patří ztráta funkce ledvin, hypertenze a zvýšená míra výskytu nových kamenů. Účinek rázových vln na ledvinný parenchym u pokusných zvířat je závislý na dávce (počtu rázových vln). Zobrazení magnetickou rezonancí u pacientů léčených extrakorporální litotrypsí rázovou vlnou prokazuje morfologické abnormality v ledvině nebo jejím okolí v 63 až 85 % případů (průměrný počet rázových vln 1 200). Navzdory těmto pozorováním nebyly dosud stanoveny bezpečné hranice extrakorporální litotrypse rázovou vlnou u lidí. Je naléhavě nutné provést další studie týkající se této problematiky a možných dlouhodobých nežádoucích účinků extrakorporální litotrypse rázovou vlnou.