Výběrová těžba dřeva je postup, při kterém se z určité oblasti odstraní pouze jeden nebo dva druhy stromů. Jak již bylo zmíněno, selektivní těžba je ve srovnání s kácením účinnější metodou, ale stále má negativní dopady. Výběrová těžba dřeva v amazonském deštném pralese přešla od nízkoobjemové těžby jednoho nebo dvou druhů dřevin k systému, který může těžit více druhů dřevin a zůstat ziskový. Je to jeden z mnoha způsobů využívání půdy v rozvíjejících se hranicích v Amazonii. Růst tohoto odvětví však nesouvisí s efektivním řízením a lepšími technikami těžby. Přestože existuje mnoho pokroků v lesním hospodaření, jako je například těžba dřeva se sníženým dopadem (RIL), nebyly široce přijaty. K několika důvodům, proč jsou škodlivé výběrové těžební techniky upřednostňovány před RIL, patří: nejasně stanovená vlastnická práva, vysoké transakční náklady státu a nedostatek dostupných informací o technikách obhospodařování lesů. RIL také ovlivňuje obnovu stromů, protože vytváří menší mezery v korunách, které omezují přirozené světlo, jež obnovující se stromy potřebují k přežití.
Dvěma způsoby, jak získat povolení k těžbě v brazilské Amazonii, jsou politicky regulované plány lesního hospodářství a odlesňování. Prostřednictvím těchto povolení bylo v letech 2000 až 2004 zaznamenáno téměř 15 milionů m3 dřeva, ale v letech 1998 až 2004 to bylo více než 24 milionů m3 (850×106 m3). Velká část produkce z těchto let pocházela z nelegální těžby. Nezákonná těžba dřeva vede k daňovým ztrátám státu a špatnému ekonomickému pokroku v odvětvích souvisejících s těžbou dřeva. Kromě toho má nezákonná těžba za následek ochuzení lesů, ztrátu biologické rozmanitosti a zvýšenou pravděpodobnost vzniku požárů.
Intenzita, s jakou se těží veškeré dřevo, má přímý vliv na ekologický pokrok. Zpočátku se v důsledku selektivní těžby snižuje pokryvnost lesních porostů, což vede ke zpomalení růstu lesa, hydrologických procesů a zásobování potravinami. Kromě změny struktury lesa mění selektivní těžba také koloběh uhlíku a další klíčové biogeochemické procesy, které pomáhají řídit a udržovat produktivitu lesa. Účinky výběrové těžby dřeva lze rozdělit do tří hlavních složek: poškození půdy v důsledku těžebních prací, časové vzorce podílu mezer v korunách stromů v rámci každé kategorie poškození půdy a časové změny podílu mezer v důsledku pokácení stromů. Podíl mezer v korunách je integrovaným účinkem několika biofyzikálních vlastností závislých na měřítku, které poskytují informace o otevřenosti korun po selektivní těžbě. Největší podíl na poškození půdy mají cesty, ale kmeny a cesty byly malou součástí celkového poškození půdy. Různé metody a techniky těžby však vedou k různým úrovním poškození půdy. Navzdory podobným technikám těžby způsobují konvenční metody těžby větší poškození půdy než těžba se sníženým dopadem.
Výběrná těžba je jedním z mnoha způsobů využívání půdy v brazilské Amazonii, ale také zvyšuje přístup lidí do lesů prostřednictvím rozvoje množství těžebních cest. Tyto cesty umožňují snadnější přístup k místům těžby dřeva, ale také usnadňují přístup lovcům na lesní pozemky, což snižuje biologickou rozmanitost v lese. V okolí těchto silnic také dochází s největší pravděpodobností k těžbě dřeva, protože snadný přístup umožňuje větší zisk. To vede k velkému podílu mezer a vysoké míře odlesňování. Pravděpodobnost odlesnění je nevyhnutelně vyšší u špatně řízené výběrové těžby v lese než u lesů bez ní. Toto zvětšování otvorů v korunách stromů má za následek degradaci a zvýšenou náchylnost k požárům. Fragmentace lesa je rovněž způsobena v důsledku těžby s velkým dopadem na les. Dopady těžby dřeva v brazilské Amazonii mají za následek fragmentaci lesů, protože vznikají nové plochy lesů určené buď k vykácení, nebo k selektivní těžbě dřeva.
Téměř polovina selektivní těžby dřeva v Amazonii byla na počátku roku 2000 nezákonná. Vzhledem k tomu, že většina těžebních postupů nebyla regulována, způsobily těžební operace s vysokými škodami náchylnost lesní půdy k suchu a požárům. V nedávno vytěžených lesích jsou podíly mezer v korunách stromů nejvyšší v patrech kmenů, celkový vliv na podíl mezer v lese je však kvůli malé ploše patra zanedbatelný.