Případ 1
Pacient s rakovinou jícnu, u kterého byla diagnostikována S. haliotis plicní zánět.
Dne 24. července 2016 byl 68letý muž přijat do lidové nemocnice města Liaocheng v Číně z důvodu „4 hodiny trvající hematemézy“. Již více než 2 roky mu byla diagnostikována operace rakoviny jícnu. Při přijímacím fyzikálním vyšetření měl tělesnou teplotu 36,3 °C, tepovou frekvenci 92 tepů/min, dýchání 22krát/min a krevní tlak 135/80 mmHg. Nehmatné zvětšení oboustranných krčních a nadklíčkových lymfatických uzlin, průdušnice uprostřed, prsní symetrie, viditelné jizvy na pravé straně hrudníku, jasný perkusní zvuk na dvojité plíci, auskultačně hrubý dechový zvuk, bez suchých a vlhkých chrůpků, pravidelný rytmus, perkusně bez bolesti oblasti ledvin, negativní posunová tupost a střevní zvuky 3krát/min. Jeho přijímací diagnóza byla karcinom jícnu po operaci a hypertenze. Při přijetí byla provedena pomocná vyšetření ke zjištění zdroje hematemézy. Byla provedena nebolestivá gastroskopie, ale nebyly zjištěny žádné zjevné abnormality. Nebolestivé bronchoskopické vyšetření odhalilo krvácení ze zadního bazálního segmentu levého dolního laloku. Kartáčová patologie neprokázala žádné zjevné nádorové buňky. Hrudní a břišní rozšířená počítačová tomografie ukázala, že měl operaci jícnu, bronchitidu a emfyzém, uzliny středního laloku pravé plíce, intersticiální léze pravého horního a levého dolního laloku a zánět dolního laloku levé plíce. Byl mu podáván lék (3 g cefoperazonu/sulbaktamu dvakrát denně po dobu 6 dnů) a terapie protinádorová, protizánětlivá, rehydratační a hemostázová. Po šesti dnech léčby se jeho příznaky zlepšily a pacient byl propuštěn z nemocnice.
Bronchoalveolární lavážní tekutina (BALF) byla odebrána při bezbolestném bronchoskopickém vyšetření a počet buněk byl vyšší než 104 cfu/ml. Vzorek byl pro bakteriální kultivaci naočkován na médium krevního agaru. Kmeny s různými fenotypovými znaky na krevních plotnách byly izolovány a identifikovány jako S. algae, Escherichia coli a Klebsiella pneumoniae pomocí systému VITEK 2 s použitím karty ID-GN (boiMérieux). Protože v databázi systému VITEK 2 byly registrovány pouze dva druhy Shewanella, S. putrefaciens a S. algae, byla sekvence genu 16S rRNA amplifikována pomocí dříve popsané PCR . Produkt PCR byl sekvenován a nukleotidová sekvence byla uložena v GenBank pod přístupovým číslem MF589233. Analýza BLAST sekvence genu 16S rRNA v GenBank ukázala 99,0% podobnost s typovým kmenem S. haliotis DW01 (přístupové číslo NR_117770.1). Další fylogenetická analýza se všemi typovými sekvencemi druhů rodu Shewanella dostupnými v databázi GenBank potvrdila, že kmen byl identifikován jako druh S. haliotis (LC2016-1 na obr. 1).
Fylogenetický strom sestrojený metodou sousedního spojování na základě nukleotidových sekvencí genu 16S rRNA. Fylogenetický strom byl zkonstruován ze zarovnání o délce 1427 nt a byly do něj zahrnuty všechny známé typové kmeny druhu Shewanella. Čísla u uzlů označují hodnoty bootstrapu (procento z 1000 replikátů). Sloupec, 10 substitucí na nukleotidové pozici. Tučným písmem byly označeny kmeny z případů I a II. V závorkách byla uvedena přístupová čísla GenBank sekvencí genu 16S rRNA. Černý trojúhelník tvořilo padesát čtyři druhů rodu Shewanella. Názvy druhů a přístupová čísla GenBank sekvencí genu 16S rRNA byly uvedeny v Doplňkovém souboru 1: Tabulka S1
Pro další potvrzení složení a bohatosti bakteriálního společenstva BALF byl vzorek podroben sekvenování amplikonu 16S rRNA . Výsledek ukázal, že složení bakteriálního společenstva zahrnovalo rody Shewanella (88,34 %), Escherichia (11,11 %) a Streptococcus (0,38 %) a další, přičemž většinu rodu tvořila Shewanella.
Testování citlivosti na antibiotika bylo provedeno mikrodiluční metodou na Muellerově-Hintonově bujónu. Kmen byl citlivý k piperacilinu/tazobaktamu (minimální inhibiční koncentrace, MIC: 8 μg/ml), ceftazidimu (1 μg/ml), cefepimu (1 μg/ml), amikacinu (2 μg/ml), gentamicinu (1 μg/ml), imipenemu (4 μg/ml), meropenemu (4 μg/ml), ale byl rezistentní k ciprofloxacinu (8 μg/ml) a levofloxacinu (8 μg/ml).
Případ 2
Pacient s rakovinou žaludku, u kterého byla diagnostikována bakteriémie S. algae.
Padesátiletý muž byl přijat do lidové nemocnice města Liaocheng v Číně dne 6. 10. 2016 z důvodu „nepříjemných bolestí v horní části břicha po dobu 1 měsíce“. Jeho přijaté fyzikální vyšetření zahrnovalo tělesnou teplotu 36,1 stupně, tepovou frekvenci 72 tepů/min, dýchání 18krát/min a krevní tlak 140/90 mmHg. Bylo zjištěno nehmatné zvětšení oboustranných krčních a nadklíčkových lymfatických uzlin, ploché břicho, nebyly pozorovány žádné gastrointestinální ani peristaltické vlny. Bylo hlášeno měkké břišní svalstvo, mírná citlivost v horní části břicha a žádná zjevná odrazová bolest. Játra a slezina se mu nedotýkaly pod žebry a nebyla zjištěna žádná hmatná masa. Posunutí tuposti bylo negativní, byly zjištěny normální střevní zvuky a žádné abnormality rektálního vyšetření. Gastroskopie naznačovala viditelné vředové léze na kardii zahrnující žaludeční fundus a žaludeční tělo. Patologické výsledky ukázaly adenokarcinom. Jeho diagnózy při přijetí byly karcinom žaludku a hypertenze.
Při přijetí byla 9. října 2016 provedena pomocná vyšetření. Laparoskopie ukázala, že je v pozdním stadiu nádoru bez radikální resekce. Poté podstoupil intravenózní a intraperitoneální chemoterapii, po níž následoval těžký útlum kostní dřeně s krevními buňkami a krevními destičkami výrazně nižšími, než je norma. Dále mu byla podávána léčba proti infekci, nutriční podpora, rehydratace, stimulace granulopoézy a symptomatická léčba. Dne 26. října 2016 měl pacient dušnost, srdeční frekvenci a další příznaky s drsnými plicními dechovými zvuky a bez chrůpků, končetiny studené. Byla u něj zvažována existence septického šoku. Byla mu podávána neinvazivní mechanická ventilace a expanze tekutin, koloidy, transfuzní přípravky, antiinfekce (1 g imipenemu byl podáván každých 8 h po dobu 7 dnů), udržování oběhu, suprese kyselosti, ochrana jater, nutriční podpora, udržování vodní a elektrolytové acidobazické rovnováhy, monitorování krevního tlaku, srdeční frekvence, dechových funkcí, hodinového objemu moči a krvácení. Pacient měl těžkou infekci a přítomnost syndromu dysfunkce více orgánů (dýchání, oběh, gastrointestinální, krev a ledviny). Pacient a jeho rodinní příslušníci požadovali automatické propuštění do hospicové péče. Při propuštění mu byl diagnostikován syndrom dysfunkce více orgánů (dýchacího, oběhového, gastrointestinálního, krevního a ledvinového), rakovina žaludku a hypertenze.
Po objevení septického šoku mu byla odebrána krevní kultura k oddělení bakterií. Mikrobiální růst byl zjištěn jak v anaerobních, tak v aerobních lahvích a pozitivní uváděná doba byla 8,1 a 11,9 hod. V obou lahvích byl zjištěn uniformní gramnegativní bacil. Po 24 h inkubace vyrostly na krevním agaru hemolytické, oxidáza pozitivní žluté kolonie. Kmen byl identifikován jako S. putrefaciens systémem VITEK 2 pomocí karty ID-GN (boiMérieux). Sekvence genu 16S rRNA kmene byla uložena v GenBank (přístupové číslo: MF589234). Analýza BLAST v GenBank ukázala 100,0% podobnost s kmenem S. upenei VITVAGJ (přístupové číslo KP090164.1). Další fylogenetická analýza se všemi typovými sekvencemi druhů rodu Shewanella dostupnými v databázi GenBank potvrdila příslušnost kmene k druhu S. upenei (LC2016-5 na obr. 1). V den odběru krve mu byla odebrána také peritoneální drenážní tekutina, která byla kultivována stejnými identifikačními metodami, a výsledky bakteriální identifikace a citlivosti na léčiva byly shodné s výsledky z krve.
Testování citlivosti na antibiotika bylo provedeno mikrodiluční metodou na Muellerově-Hintonově bujónu. Kmen byl citlivý k aztreonamu (1 μg/ml), ceftazidimu (1 μg/ml), cefepimu (1 μg/ml), amikacinu (2 μg/ml), gentamicinem (1 μg/ml) a levofloxacinem (1 μg/ml), ale byla střední pro imipenem (8 μg/ml), piperacilin/tazobaktam (64 μg/ml) a ciprofloxacin (2 μg/ml).