Den 8. oktober 2010 indledte den nicaraguanske regering operationer for at uddybe 33 kilometer (21 mi) af San Juan-floden under ledelse af kommandør Edén Pastora. Den 20. oktober klagede den costaricanske regering til de nicaraguanske myndigheder over en påstået krænkelse af dens suverænitet, da nicaraguanske tropper var trængt ind på costaricansk territorium. Costa Ricas regering sagde, at uddybningen af floden forårsagede miljøskader i vådområderne på Isla Calero, som er en del af øens naturreservat, i et område, der ejes af det costaricanske miljøministerium. Nicaragua afviste alle påstande og svarede, at costaricanerne faktisk havde invaderet dets territorium, og Nicaraguas vicepræsident udtalte, at “vi kan ikke invadere vores eget territorium”. Den costaricanske regering svarede ved at sende 70 politiforstærkninger til grænseområdet den 22. oktober. Nicaragua stationerede omkring 50 soldater på øen.
Ifølge en costaricansk avis retfærdiggjorde Edén Pastora sine handlinger på baggrund af grænsen, som den fremgår af Google Maps, og behovet for at bekæmpe narkotikasmugling. Pastora benægtede dog at have påstået at have baseret sig på Google Maps til at bestemme grænsen og sagde til den nicaraguanske presse, at hans forståelse af grænsen var baseret på den oprindelige tekst i Cañas-Jerez-traktaten fra 1858. En repræsentant for Google Latinamerika udtalte, at selv om “Google-kort er af meget høj kvalitet, og Google arbejder konstant på at forbedre og opdatere eksisterende oplysninger, bør de på ingen måde bruges som reference til at afgøre militære aktioner mellem to lande”. Han tilføjede: “I dette tilfælde har Google konstateret, at der var en unøjagtighed i udformningen af grænsen mellem Costa Rica og Nicaragua, og Google arbejder på at opdatere oplysningerne så hurtigt som muligt.” Grænseafbildningen blev senere korrigeret af Google på Google Earth og i Google Maps.
Både lande havde forskellige tilgange til, hvordan de skulle løse problemet. Nicaragua hævdede, at der var tale om en grænsestrid, som skulle løses af Den Internationale Domstol, mens Costa Rica hævdede, at der var tale om en militær indtrængen, og at Organisationen af Amerikanske Stater (OAS) skulle løse problemet.
OAS’ generalsekretær José Miguel Insulza mødtes med begge regeringer og inspicerede konfliktområdet. Han opfordrede derefter begge lande til at fjerne alle tropper og sikkerhedspersonel fra det omstridte område som et første skridt i retning af at indlede en dialog for at løse situationen fredeligt og afgrænse grænsen for at forhindre yderligere konflikter. Costa Rica gik ind på disse betingelser, men Nicaragua nægtede at fjerne sine tropper. På et møde den 12. november godkendte OAS-ambassadørerne med 22 stemmer mod 2 en resolution, hvori de anmodede Costa Rica og Nicaragua om at trække deres tropper ud af konfliktzonen langs deres fælles grænse og om at føre samtaler for at bilægge deres stridigheder. Nicaraguas præsident Daniel Ortega afviste muligheden for at trække tropperne tilbage og ignorerede OAS-resolutionen, fordi hans regering mente, at denne organisation ikke havde kompetence til at løse grænsestridigheder. På samme pressekonference meddelte præsident Ortega, at han havde til hensigt at indgive en klage til Den Internationale Domstol for at få tilladelse til at sejle på den costaricanske Colorado-floden.
På den politiske side kritiserede nogle kommentatorer Daniel Ortega for angiveligt at udnytte denne sag til at fremme sit genvalg. Costa Ricas præsident Laura Chinchilla blev kritiseret af den tidligere præsident Óscar Arias for sin naive håndtering af situationen.
Den 18. november 2010 anlagde Costa Rica sag mod Nicaragua ved Den Internationale Domstol. I klagen blev der klaget over Nicaraguas hærs indtrængen i, besættelse af og brug af costaricansk territorium, brud på Nicaraguas traktatmæssige forpligtelser over for Costa Rica og “igangværende og planlagte uddybninger og opførelsen af kanalen (som) vil påvirke vandstrømmen til Coloradofloden i Costa Rica alvorligt og vil forårsage yderligere skade på costaricansk territorium, herunder vådområder og nationale beskyttede naturområder i regionen”. Costa Rica har også indgivet en anmodning om foreløbige foranstaltninger, herunder tilbagetrækning af alle nicaraguanske tropper fra øen, ophør af anlæggelsen af en kanal gennem costaricansk territorium, øjeblikkeligt ophør af dumpning af sediment på costaricansk territorium og øjeblikkeligt ophør af fældning af træer, fjernelse af vegetation og jord fra costaricansk territorium, herunder dets vådområder og skove. Samme dag godkendte OAS med 22 stemmer for og 1 imod (7 undlod at stemme) en anmodning fra Costa Rica om at indkalde til et rådgivende møde mellem OAS’ udenrigsministre med henblik på at analysere situationen mellem Costa Rica og Nicaragua i grænseområdet ved San Juan-floden. Mødet fandt sted den 7. december 2010.
I marts 2011 fastslog Den Internationale Domstol foreløbigt, at Costa Rica og Nicaragua begge skal afholde sig fra at sende eller opretholde civile, sikkerhedsstyrker eller politi i dette omstridte grænseområde, men at Costa Rica fik lov til at sende civile hold, der beskæftiger sig med miljøspørgsmål. Nicaraguas uddybning i selve San Juan-floden fik lov til at fortsætte, da Nicaragua har suverænitet over selve floden.
Spå et senere tidspunkt opstod der en tvist om en vej, som Costa Rica havde anlagt ved grænsen til Nicaragua. Nicaragua hævdede, at vådområder og nationalparker blev beskadiget. Ikke desto mindre hævdede Costa Rica, at den var nødvendig for at beskytte sig mod “sandinisterne” og for at sikre elektricitet og andre behov for folk, der bor i et fjerntliggende område, for hvem den eneste tidligere transitmetode var med båd i San Juan-floden.
En note til afklaring: Konflikten finder ikke sted på Isla Calero, med 151.6 km2, men på Isla Portillos (beliggende nord for Calero), som er den ottende største ø i Costa Rica (16,8 km2), herunder Refugio Nacional de Vida Silvestre Corredor Fronterizo Norte , i henhold til dekret nr. 23248-MIRENEN af 18. maj 1994. Isla Portillos er blevet forvekslet af nicaraguanere og costaricanere, herunder pressen og regeringerne i begge lande, med den større Isla Calero. På trods af dette er konflikten blevet kendt som “Calero-økonflikten”.