En alternativ tilgang til miljøregulering er en kommando- og kontroltilgang. Denne er meget mere præskriptiv end markedsbaserede instrumenter. De styrende og kontrollerende reguleringsinstrumenter omfatter emissionsstandarder, proces-/udstyrsspecifikationer, grænser for input/output/udledning, krav om offentliggørelse af oplysninger og revisioner. Kommando- og kontrolmetoder er blevet kritiseret for at begrænse teknologien, da der ikke ville være noget incitament for virksomhederne til at innovere. Empiriske undersøgelser har vist det modsatte; eksterne prisændringer kan fremme innovation, da virksomhederne er tvunget til at afhjælpe markedssvigt i form af underinvestering.
Markeedsbaserede instrumenter foreskriver ikke, at virksomhederne skal anvende bestemte teknologier, eller at alle virksomheder skal reducere deres emissioner med samme mængde, hvilket giver virksomhederne større fleksibilitet i deres tilgang til forureningsstyring. Kommando- og kontrolmetoder kan dog være gavnlige som udgangspunkt, når lovgivere står over for et betydeligt problem, men har for få oplysninger til at støtte et markedsbaseret instrument. Kommando- og kontrolmetoder kan også være at foretrække, når lovgiverne står over for et tyndt marked, hvor de begrænsede potentielle handelspuljer betyder, at gevinsterne ved et markedsbaseret instrument ikke vil overstige omkostningerne (et centralt krav for en vellykket markedsbaseret metode).
Markedsbaserede instrumenter kan også være uhensigtsmæssige, når der er tale om emissioner med lokale virkninger, da handelen vil være begrænset til den pågældende region. De kan også være uhensigtsmæssige i forbindelse med emissioner med globale virkninger, da det kan være vanskeligt at opnå internationalt samarbejde.
Af forskellige årsager var miljøforkæmpere oprindeligt imod brugen af markedsbaserede instrumenter, undtagen under meget begrænsede betingelser. Efter den vellykkede anvendelse af frit handlede kreditter i forbindelse med blyudfasningen i USA erkendte miljøforkæmperne imidlertid, at handelsmarkederne også har fordele for miljøet. Siden da har miljøforkæmpere, begyndende med forslaget om et marked for kvoter for syreregn, støttet brugen af handel i en række forskellige sammenhænge.