Nova er blevet kritiseret for ikke altid at evaluere forfattere gennem den akademiske peer review-proces og for at genudgive gamle public domain-bogkapitler og frit tilgængelige regeringsrapporter til høje priser. Denne kritik fik bibliotekar Jeffrey Beall til at skrive, at Nova Science Publishers efter hans mening var i “bundniveauet” blandt forlag.
En nylig undersøgelse af nationale og internationale databaser over videnskabelige bogudgivere (herunder Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA og SPI) identificerede Nova som en af en “kerne af forlag, der er indekseret i alle fem” af de undersøgte informationssystemer. Denne “kerne” omfattede 46 ud af de 3 765 identificerede forlag.
I en rapport fra 2011 om 21 internationale samfundsvidenskabelige bogforlag, der fastlagde indtrængning på internationale markeder og omtale af bøger i internationale videnskabelige indekssystemer som Cambridge Scientific Abstracts, indtog Nova Science Publishers en 17. plads ud af 21. I en ranglisteundersøgelse af bogudgivere fra 2017 blev Nova Science Publishers placeret højt på antallet af udgivne bøger, men nær bunden for antallet af citeringer pr. bog. En rapport fra 2018 af samme forfatter viser nu, at Nova rangerer blandt den øverste halvdel blandt 51 for 1.virksomhedens samlede globale status; 2.virksomheden som en faktor på markedet; 3.virksomhedens indflydelse på den globale politiske og økonomiske debat; 4.succesfuld distribution af bestsellere; 5.indflydelse på det videnskabelige samfund; 6.succesfuld distribution af produktion til mere end 50 globale Worldcat-biblioteker; 7.output i løbet af de sidste 5 år; 8.fremragende akademisk kvalitet. Men også fra 2018 er Nova blevet fjernet fra den norske liste over godkendte videnskabelige udgivelseskanaler (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).