Det politiske system i Republikken Sudan blev omstruktureret efter et militærkup den 30. juni 1989, hvor Omar al-Bashir, der dengang var brigadegeneral i den sudanesiske hær, stod i spidsen for en gruppe officerer og afsatte premierminister Sadiq al-Mahdis regering. Under al-Bashirs ledelse suspenderede den nye militærregering de politiske partier og indførte en islamisk retskodeks på nationalt plan. Han blev derefter formand for Det Revolutionære Kommandoråd for National Frelse (et nyoprettet organ med lovgivende og udøvende beføjelser i det, der blev beskrevet som en overgangsperiode) og overtog posterne som statsoverhoved, premierminister, chef for de væbnede styrker og forsvarsminister. Efter at have institutionaliseret sharia-lovgivningen i den nordlige del af landet sammen med Hassan al-Turabi udstedte al-Bashir udrensninger og henrettelser i de øverste rækker af hæren, forbud mod foreninger, politiske partier og uafhængige aviser og fængsling af ledende politiske personer og journalister. I 1993 blev Sudan omdannet til en islamisk totalitær enpartistat, da al-Bashir afskaffede Det Revolutionære Kommandoråd og oprettede Den Nationale Islamiske Front (NIF) med et nyt parlament og en ny regering, der udelukkende bestod af medlemmer af NIF, og udråbte sig selv til præsident for Sudan. Som følge heraf ville den anden sudanesiske borgerkrig med Sudan People’s Liberation Army (SPLA) kun eskalere i de følgende år.
Fra 1983 til 1997 var landet opdelt i fem regioner i nord og tre i syd, som hver blev ledet af en militærguvernør. Efter militærkuppet i 1989 blev de regionale forsamlinger suspenderet. Da Det Revolutionære Kommandoråd for National Frelse blev afskaffet i 1993, og den regerende Nationale Islamiske Front (NIF) dannede Det Nationale Kongresparti (NCP), omfattede det nye parti nogle ikke-muslimske medlemmer, hovedsagelig sydsudanske politikere, hvoraf nogle blev udnævnt til ministre eller delstatsguvernører.
I 1997 blev strukturen med regional administration erstattet af oprettelsen af seksogtyve delstater. De øverste ledere, kabinetter og højtstående embedsmænd i delstaterne udnævnes af præsidenten, og deres begrænsede budgetter fastsættes af Khartoum og uddeles fra Khartoum. Som følge heraf er staterne fortsat økonomisk afhængige af centralregeringen. Staten Khartoum, der omfatter hovedstaden og de afsidesliggende distrikter, administreres af en guvernør.
Efter undertegnelsen af den samlede fredsaftale (CPA) i 2005 mellem Omar al-Bashirs regering og Sudan People’s Liberation Movement/Army (SPLM/A) blev der indsat en national samlingsregering i Sudan i overensstemmelse med den midlertidige forfatning, hvorved der blev oprettet en stilling som medvicepræsident, der repræsenterer syd, ud over den nordsudanesiske vicepræsident. Dette gav nord og syd mulighed for at dele olieforekomsterne ligeligt, men lod også både nordens og sydens hære forblive på plads.
Efter Darfur-fredsaftalen blev embedet som øverste præsidentrådgiver, den fjerde højeste forfatningsmæssige post, tildelt Minni Minnawi, en zaghawa fra den Darfur-baserede Sudanesiske Befrielseshær (SLA). De udøvende poster blev fordelt mellem Det Nationale Kongresparti (NCP), Sudan People’s Liberation Movement/Army (SPLM/A), Eastern Front og fraktioner af Umma Party og Democratic Unionist Party (DUP). Denne fredsaftale med SPLM/A gav Sydsudan selvstyre i seks år, som skulle følges op af en folkeafstemning om uafhængighed i 2011. I henhold til den nye forfatning fra 2005 er den nationale lovgivende forsamling med to kamre det officielle sudanesiske parlament og er opdelt i to kamre: Nationalforsamlingen, et underhus med 450 pladser, og Staternes Råd, et overhus med 50 pladser. Parlamentet består således af i alt 500 udpegede medlemmer, hvor alle er indirekte valgt af delstaternes lovgivende forsamlinger til at sidde i seksårige perioder.
Trods sin internationale arrestordre blev Omar al-Bashir genvalgt ved det sudanske præsidentvalg i 2010, det første demokratiske valg med deltagelse af flere politiske partier i ni år. Hans politiske rival var vicepræsident Salva Kiir Mayardit, den nuværende leder af SPLA.
I december 1999 kulminerede en magtkamp mellem præsident Omar al-Bashir og Hassan al-Turabi, NIF’s grundlægger, islamistisk ideolog og parlamentsformand. Al-Turabi blev frataget sine poster i regeringspartiet og regeringen, parlamentet blev opløst, forfatningen suspenderet, og der blev erklæret national undtagelsestilstand ved et dekret fra præsidenten. Parlamentet blev genoptaget i februar 2001 efter præsident- og parlamentsvalget i december 2000, men de nationale undtagelseslove er fortsat i kraft. Omkring samme tid blev Den Sorte Bog, et manuskript af dissidenter fra Vesten, der beskriver de nordlige folkeslags dominans, offentliggjort. Al-Turabi blev arresteret i februar 2001 og anklaget for at være en trussel mod den nationale sikkerhed og den forfatningsmæssige orden, fordi han havde underskrevet et aftalememorandum med SPLM/A. Han blev anbragt i et højsikkerhedsfængsel, indtil han blev løsladt i 2005.
Som led i den aftale, der afsluttede den anden sudanesiske borgerkrig, blev ni medlemmer af SPLM/A og 16 medlemmer af regeringen taget i ed som ministre den 22. september 2005 og dannede den første nationale samlingsregering efter krigen. Indvielsen blev forsinket på grund af stridigheder om, hvem der skulle have forskellige porteføljer, og som følge af vicepræsident John Garangs død. Det Nationale Kongresparti beholdt kontrollen med de vigtigste poster inden for energi, forsvar, indre anliggender og finanser, mens en SPLM-ansat blev udenrigsminister. Vicepræsident Salva Kiir skulle efter sigende have bakket ud i striden om, hvem der skulle have kontrol med det vigtige energi- og mineministerium, som håndterer produktionen fra Sudans oliefelter.
Den 11. april 2019 blev al-Bashir og hans regering væltet ved et militærkup ledet af hans første vicepræsident og forsvarsminister, som derefter etablerede den nu regerende militærjunta. Den næste dag overdrog Auf magten til generalløjtnant Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.