Det genetiske locus for PPS blev lokaliseret til kromosom 1 i 1999.Sygdommen nedarves autosomalt dominerende og skyldes en mutation i IRF6-genet. De fleste rapporterede tilfælde er sporadiske; fremskreden alder hos forældrene findes i en række af disse tilfælde, hvilket tyder på nye mutationer.
Tegningen PPS er også blevet brugt om to sjældne autosomalt recessivt nedarvede tilstande: Letal PPS og PPS med ektodermal dysplasi. Selv om begge tilstande er kendetegnet ved læbe- og ganespalte, syngnathi og popliteal pterygium, er de klinisk adskilte fra det autosomalt dominerende tilfælde. Letal PPS adskiller sig ved mikrocefali, corneal aplasi, ektropion, knoglefusioner, hypoplastisk næse og fraværende tommelfingre, mens PPS med ektodermal dysplasi adskiller sig ved uldent hår, skøre negle, ektodermale anomalier og spaltning af sakralhvirvlerne.
Forhold til Van der Woude syndromRediger
Van der Woude syndrom (VDWS) og popliteal pterygium syndrom (PPS) er alleliske varianter af den samme tilstand; det vil sige, at de er forårsaget af forskellige mutationer i det samme gen. PPS omfatter alle kendetegnene ved VDWS plus popliteal pterygium, syngnathia, tydelig tå/snegle abnormitet, syndaktyli og genito-urinære misdannelser.