Den relative rolle af ekstrakorporal chokbølgelitotripsy og perkutan nefrostolitotomi diskuteres i øjeblikket. Begge behandlingsformer er anvendelige til de fleste sten i de øvre urinveje. Der er dog nogle vigtige forskelle mellem de to teknikker. Overordnet set er ekstrakorporal chokbølgelitotripsy forbundet med betydeligt lavere morbiditet end perkutan nefrostolitotomi, men stenfriheden er lavere ved ekstrakorporal chokbølgelitotripsy end ved perkutan nefrostolitotomi. Denne forskel er lille for nyrer med minimal stenbelastning, men stiger i direkte forhold til stigende stenbelastning. Morbiditeten ved ekstrakorporal chokbølgelitotripsy stiger også med stigende stenbelastning. Når den anvendes til behandling af staghornsten er morbiditeten for begge teknikker sammenlignelig, men den stenfri rate er betydeligt bedre med perkutan nefrostolitotomi.
Behandling med ekstrakorporal chokbølgelitotripsy medfører ændringer i nyren, der ligner dem, der sker ved nyretraumer, og som primært består af intraparenchymal og perirenal blødning og ødem. Mens de akutte virkninger af ekstrakorporal chokbølgelitotripsy tolereres godt af de fleste patienter, er langtidsfølgerne af denne behandlingsform ikke veletableret. Potentielle bivirkninger på lang sigt, der er rapporteret, omfatter tab af nyrefunktion, hypertension og en øget forekomst af nye sten. Effekten af chokbølger på nyreparenkymet hos forsøgsdyr er dosisafhængig (antal chokbølger). Ved magnetisk resonansafbildning af patienter, der er behandlet med ekstrakorporal chokbølgelitotripsy, påvises morfologiske abnormiteter i eller omkring nyren i 63-85 % af tilfældene (gennemsnitligt antal chokbølger 1 200). På trods af disse observationer er de sikre grænser for ekstrakorporal chokbølgelitotripsi hos mennesker endnu ikke blevet fastlagt. Der er et presserende behov for yderligere undersøgelser vedrørende dette spørgsmål og de potentielle negative langtidsvirkninger af ekstrakorporal chokbølgelitotripsy på lang sigt.