Planternes liv
Den øvre (sydlige), relativt våde del af bækkenet er dækket af savanne (græsarealer med træer), kaldet cerrados, og af skove med blandede stedsegrønne og løvfældende træer. Løvtræer omfatter jacaranda, brasiliansk cedertræ (cedro) og vinhatico; der vokser også cochinealkaktus, aloer og vaniljeplanter. Karakteristisk for det midterste flodbassin er caatinga-vegetationen (fra Tupí-Guaraní-ordet, der betyder “hvid skov”), et område med forkrøblet, ofte tornede skove. Blandt de dominerende træarter er de bælgfrugtige catingueiras og juremas, der tilhører euphorbia-familien, og barriguda-træet (et palmelignende træ fra Bombacaceae-familien); bromeliaer (planter med basale, ofte pigede blade) og en lang række kaktusser udgør underskoven. Økonomisk nyttige arter omfatter caroa, der bruges for sine fibre, ricinusplanten, olie-, carnauba- og dadelpalmer samt cashew- og gummitræer.
Faldzonen ligger i det tørre brasilianske indre, der er kendt som sertão. Den ringe nedbørsmængde i området tillader kun vækst af xerofytiske (tørkeresistente) buske og græsser. De tørre skove i det bakkede højland er levested for carnauba- og babassu-palmer og planter som kaktus, klipperose og rhododendron. En usædvanlig plante i sertão-regionen er den stedsegrønne aveloz, som kan blive 15 til 20 meter høj og bruges som hæk til at markere markgrænser. Det underjordiske vand i regionen er ofte for salt til vanding eller drikkevand.
Den nedre del af São Francisco løber gennem en flodslette med fine siltjorde, og der trives tropisk halv-løvskov. Det meste af den oprindelige vegetation, der voksede langs floden, er imidlertid blevet ryddet til fordel for landbruget.