Selektiv skovhugst er en praksis, hvor man kun fjerner en eller to træarter fra et bestemt område. Som tidligere nævnt er selektiv skovhugst en mere effektiv metode i forhold til rydning, men der er stadig negative virkninger. Selektiv skovhugst i Amazonas regnskov har ændret sig fra en lav mængde høst af en eller to arter til et system, der kan fælde flere arter og forblive rentabelt. Det er en af de mange former for arealanvendelse i de nye grænser i Amazonasområdet. Væksten i denne industri hænger imidlertid ikke sammen med en effektiv forvaltning og bedre skovningsteknikker. Selv om der er mange fremskridt inden for skovforvaltning, som f.eks. skovhugst med reduceret virkning (RIL), er de ikke blevet bredt anvendt. Der er flere grunde til, at skadelige selektive skovningsteknikker foretrækkes frem for RIL, bl.a.: uklare ejendomsrettigheder, høje statslige transaktionsomkostninger og mangel på tilgængelige oplysninger om skovforvaltningsteknikker. RIL påvirker også træernes regenerering, fordi det skaber mindre huller i kronetaget, der begrænser det naturlige lys, som de regenererende træer har brug for for at overleve.
To måder at få tilladelse til at fælde skove i det brasilianske Amazonasområde er gennem politisk regulerede skovforvaltningsplaner og skovrydning. Næsten 15 millioner m3 træ blev registreret gennem disse tilladelser mellem 2000 og 2004, men over 24 millioner kubikmeter (850×106 cu ft) blev registreret mellem 1998 og 2004. En stor del af produktionen i disse år kom fra ulovlig skovhugst. Ulovlig skovhugst fører til tab af statslige skatter og dårlig økonomisk fremgang i skovbrugsrelaterede sektorer. Desuden resulterer ulovlig skovhugst i forarmede skove, tab af biodiversitet og øget sandsynlighed for brand.
Den intensitet, hvormed alle skovhugstoperationer fælder, har en direkte indvirkning på den økologiske udvikling. I første omgang falder skovdækket som følge af selektiv skovhugst, hvilket fører til en opbremsning af skovens vækst, hydrologiske processer og fødevareforsyning. Ud over at ændre skovstrukturen ændrer selektiv skovhugst også kulstofkredsløbet og andre vigtige biogeokemiske processer, som er med til at kontrollere og opretholde skovens produktivitet. Virkningerne af selektiv skovhugst kan opdeles i tre hovedkomponenter, nemlig skader på jorden som følge af skovhugst, tidsmønstre for spaltebrøken inden for hver kategori af skader på jorden og tidsmæssige ændringer i spaltebrøken som følge af fældede træer. Skovbrøken er den integrerede effekt af flere skalaafhængige biofysiske egenskaber, der giver oplysninger om skovbrøndens åbenhed efter selektiv skovning. Stier er den største bidragyder til markskaderne, men trædæk og veje var små komponenter i de samlede markskader. Forskellige høstmetoder og -teknikker resulterer imidlertid i forskellige niveauer af jordskader. På trods af lignende høstteknikker giver konventionelle skovningsmetoder flere jordskader end skovning med reduceret virkning.
Selektiv skovning er en af de mange former for arealanvendelse i det brasilianske Amazonasområde, men den øger også menneskers adgang til skovene gennem udviklingen af et væld af skovningsveje. Disse veje giver lettere adgang til skovningssteder, men gør det også lettere for jægere at få adgang til skovarealerne, hvilket reducerer biodiversiteten i skoven. Der er også størst sandsynlighed for, at skovhugst finder sted omkring disse veje, fordi den lette adgang giver mulighed for større profit. Dette fører til store kløfter og høje afskovningsrater. Det er uundgåeligt, at sandsynligheden for skovrydning er større for dårligt forvaltet selektiv skovhugst i skove end for skove uden. Disse øgede åbninger i kronetaget resulterer i nedbrydning og øget modtagelighed for brand. Skovfragmentering er også et resultat af skovhugst med stor indvirkning på skoven. Virkningerne af skovhugst i det brasilianske Amazonasområde resulterer i skovfragmentering, da der produceres nye skovområder til enten rydning eller selektiv skovhugst.
Næsten halvdelen af de selektive skovhugstoperationer i Amazonasområdet var ulovlige i begyndelsen af 2000’erne. Da en stor del af skovhugstmetoderne var uregulerede, gjorde de store skader ved udvindingsoperationer skovarealerne modtagelige for tørke og brand. I nyligt fældede skove er spaltefraktionerne i kronedækkene højest i trædækkene, men den samlede effekt på spaltefraktionerne i skoven er ubetydelig på grund af dækernes lille overfladeareal.