Case 1
En patient med spiserørskræft, som fik diagnosen S. haliotis lungebetændelse.
En 68-årig mandlig patient blev indlagt på folkehospitalet i Liaocheng by, Kina, den 24. juli 2016 på grund af “hæmatemesis i 4 timer”. Han var blevet diagnosticeret med operation af esophageal cancer i mere end 2 år. Hans indlagte fysiske undersøgelser var en kropstemperatur på 36,3 °C, en puls på 92 slag/min, en vejrtrækning på 22 gange/min og et blodtryk på 135/80 mmHg. Ikke-palpabel forstørrelse af bilaterale hals- og supraklavikulære lymfeknuder, trachea i midten, pectoral symmetri, synlige ar på højre bryst, klar percussionslyd ved dobbelt lunge, auskultation af grov åndedrætslyd, ingen tørre og våde rales, regelmæssig rytme, percussion ingen smerter i nyreområdet, negativ for skiftende sløvhed og tarmlyde på 3 gange/min. Hans indlæggelsesdiagnose var esophageal cancer efter operation og hypertension. Ved indlæggelsen blev der foretaget hjælpeundersøgelser for at bestemme kilden til hæmatemesis. Den smertefri gastroskopi blev udført, men der blev ikke observeret nogen åbenlyse abnormiteter. Den smertefri bronkoskopiske undersøgelse afslørede en blødning i det bageste basale segment af venstre nedre lob. Børstepatologi viste ingen tydelige tumorceller. Thorakal og abdominal forstærket computertomografi-scanning viste, at han havde øsofagal kirurgi, bronkitis og emfysem, midterste lob af højre lunge knuder, højre øvre lob og venstre nedre lob interstitielle læsioner og den nederste lob af venstre lunge betændelse. Han fik medicin (3 g cefoperazon/sulbactam blev administreret to gange dagligt i 6 dage) og behandling af kræftbekæmpelse, antiinflammatorisk behandling, rehydrering og hæmostase. Efter seks dages behandling blev hans symptomer bedre, og patienten blev udskrevet fra hospitalet.
Den bronkoalveolære lavagevæske (BALF) blev opsamlet, da han modtog smertefri bronkoskopisk undersøgelse, og celletallet var over 104 cfu/ml. Prøven blev stribeinokuleret på blodagarmedium til bakteriekultur. Stammer med forskellige fænotypiske træk på blodplader blev isoleret og identificeret som S. algae, Escherichia coli og Klebsiella pneumoniae ved hjælp af VITEK 2-systemet ved hjælp af ID-GN-kortet (boiMérieux). Da kun to Shewanella-arter, S. putrefaciens og S. algae, var registreret i VITEK 2-systemets database, blev sekvensen af 16S rRNA-genet amplificeret ved hjælp af en tidligere beskrevet PCR . PCR-produktet blev sekventeret, og nukleotidsekvensen blev deponeret i GenBank under tiltrædelsesnummeret MF589233. BLAST-analysen af 16S rRNA-gensekvensen i GenBank viste en lighed på 99,0 % med typestammen af S. haliotis DW01 (accession numbers NR_117770.1). Yderligere fylogenetisk analyse med alle typesekvenser af Shewanella-arter, der er tilgængelige i GenBank-databasen, bekræftede, at stammen blev identificeret som en art af S. haliotis (LC2016-1 i fig. 1).
Fylogenetisk træ konstrueret ved nabosammenføjningsmetoden baseret på nukleotidsekvenserne af 16S rRNA-genet. Det fylogenetiske træ blev konstrueret ud fra en alignment på 1427 nt, og alle kendte typestammer af Shewanella-arter blev inkluderet. Tallene ved knuderne angiver bootstrap-værdier (procentdel af 1000 gentagelser). Bar, 10 substitutioner pr. nukleotidposition. Fede skrifttyper angiver stammerne fra case I og II. GenBank-adgangsnumre for 16S rRNA-gensekvenser var angivet i parentes. Den sorte trekant bestod af fireoghalvtreds Shewanella-arter. Artsnavne og GenBank-adgangsnumre for 16S rRNA-gensekvenser er anført i Additional file 1: Table S1
For yderligere at bekræfte bakteriesamfundets sammensætning og rigdom i BALF blev prøven underkastet 16S rRNA-amplicon-sekventering . Resultatet viste, at bakteriesamfundets sammensætning omfattede slægterne Shewanella (88,34 %), Escherichia (11,11 %) og Streptococcus (0,38 %) m.fl., mens størstedelen af slægterne var Shewanella.
Antibiotikafølsomhedstest blev udført ved mikrodilutionsmetode på Mueller-Hinton-bouillon. Stammen var modtagelig over for piperacillin/tazobactam (minimal inhibitorisk koncentration, MIC: 8 μg/ml), ceftazidim (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacin (2 μg/ml), gentamicin (1 μg/ml), imipenem (4 μg/ml) og meropenem (4 μg/ml), men var resistent over for ciprofloxacin (8 μg/ml) og levofloxacin (8 μg/ml).
Fald 2
En patient med mavekræft, der blev diagnosticeret som S. algae-bakteriæmi.
En 56-årig mand blev indlagt på folkehospitalet i Liaocheng by, Kina, den 6, okt. 2016, på grund af “ubehag af øvre mavesmerter i 1 måned”. Hans indlagte fysiske undersøgelse omfattede en kropstemperatur på 36,1 grader, en puls på 72 slag/min, en vejrtrækning 18 gange/min og et blodtryk på 140/90 mmHg. Der blev konstateret en ikke-palpabel forstørrelse af bilaterale lymfeknuder i halsen og supraklavikulært, fladt abdomen, ingen gastrointestinale eller peristaltiske bølger blev observeret. Der blev rapporteret bløde mavemuskler, let ømhed i øvre del af maven og ingen tydelige rebound-smerter. Hans lever og milt rørte ikke under ribbenet, og der blev ikke fundet nogen palpabel masse. Der blev ikke fundet nogen skiftende sløvhed, normale tarmlyde og ingen unormal rektalundersøgelse. Gastroskopet tydede på synlige ulcuslæsioner ved hjertet, der involverede gastrisk fundus og gastrisk krop. De patologiske resultater viste adenocarcinom. Hans indlæggelsesdiagnoser var mavekræft og hypertension.
Ved indlæggelsen blev der foretaget hjælpeundersøgelser den 9. oktober 2016. Laparoskopi indikerede, at han var i det sene stadium tumorer uden radikal resektion. Han modtog derefter intravenøs og intraperitoneal kemoterapi, efterfulgt af alvorlig knoglemarvsundertrykkelse med blodceller og trombocytter betydeligt lavere end normalt. Han fik yderligere behandling med antiinfektion, ernæringsmæssig støtte, rehydrering, stimulering af granulopoiese og symptomatisk behandling. Den 26. oktober 2016 havde patienterne åndenød, hjertefrekvens og andre symptomer med lunge åndedrætslyde grove, og ingen rales, lemmer koldt. Han blev betragtet som eksistensen af septisk chok. Han fik ikke-invasiv mekanisk ventilation og væskeudvidelse, kolloid, blodtransfusionsprodukter, antiinfektion (1 g imipenem blev administreret hver 8. time i 7 dage), opretholde cirkulation, syreundertrykkelse, leverbeskyttelse, ernæringsmæssig støtte, vedligeholdelse af vand- og elektrolyt syre-base balance, overvågning af blodtryk, hjertefrekvens, respiratorisk funktion, timeurinvolumen og blødning. Patienten havde alvorlig infektion, og tilstedeværelsen af multiple organdysfunktionssyndrom (vejrtrækning, cirkulation, gastrointestinal, blod og nyre). Patienten og hans familiemedlemmer krævede automatisk udskrivning til hospicepleje. Hans udskrivningsdiagnoser var multiple organ dysfunktionssyndrom (åndedræt, kredsløb, gastrointestinal, blod og nyre), mavekræft og hypertension.
Når han fremstod i septisk chok, blev der taget prøver af hans blodkultur for at adskille bakterierne. Den mikrobielle vækst blev påvist i både anaerobe og aerobe flasker, og den positive rapporterede tid var henholdsvis 8,1 og 11,9 timer. Begge flasker gav en ensartet gramnegativ bacille. Efter 24 timers inkubation voksede der hæmolytiske, oxidase-positive gule kolonier på blodagar. Stammen blev identificeret som S. putrefaciens med VITEK 2-systemet ved hjælp af ID-GN-kortet (boiMérieux). Stammens 16S rRNA-gensekvens var blevet deponeret i GenBank (tiltrædelsesnummer: MF589234). BLAST-analysen på GenBank viste en lighed på 100,0 % med S. upenei stamme VITVAGJ (accession numre KP090164.1). Yderligere fylogenetisk analyse med alle typesekvenser af Shewanella-arter, der er tilgængelige i GenBank-databasen, bekræftede, at stammen tilhørte arten S. upenei (LC2016-5 i fig. 1). På dagen for blodprøvetagningen blev hans peritonealdrænagevæske også opsamlet og dyrket ved hjælp af de samme identifikationsmetoder, og resultaterne af bakterieidentifikation og lægemiddelfølsomhed var i overensstemmelse med dem fra blodet.
Antibiotikafølsomhedstest blev udført ved mikrodilutionsmetode på Mueller-Hinton-bouillon. Stammen var modtagelig over for aztreonam (1 μg/ml), ceftazidim (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacin (2 μg/ml), gentamicin (1 μg/ml) og levofloxacin (1 μg/ml), men var middelmådig i forhold til imipenem (8 μg/ml), piperacillin/tazobactam (64 μg/ml) og ciprofloxacin (2 μg/ml).