Associeret personale:
- Kate Reardon, forskningsmikrobiolog
- Katherine Son, fysikvidenskabelig tekniker
- Vacant, forskningsmedarbejder, mikrobiolog (jordbund)
- Vacant, laboratorietekniker
- ARS-SWCR-forskere
Samarbejdspartnere:
-
Samarbejdspartnere:
Samarbejdspartnere:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, USDA-ARS, Washington State University, Pullman, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- David Brown, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Aktuelle forskningsprojekter
Mikrober i jorden bidrager i høj grad til næringsstoffernes cyklus og kvælstoftilgængeligheden i landbrugsjorde. Min forskning fokuserer på, hvordan afgrødestyringsstrategier påvirker de oprindelige mikrobielle samfund i jorden, og hvilken indflydelse afgrødesystemer har på kvælstof- og kulstofdynamikken. I et forsøg på at forstå disse virkninger anvender vi molekylære teknikker til at kvantificere og identificere mikrober, herunder bakterier, svampe, archaea og nematoder, der er vigtige for næringsstofcyklingen i landbrugsjord. Vi analyserer også ændringer i mængden af gener, der er nødvendige for visse mikrobielle funktioner som f.eks. kvælstofcyklingen. Ved at analysere de funktionelle gener, f.eks. det gen, der koder for ammoniakmonooxygenase, som katalyserer det første trin i omdannelsen af ammoniak til nitrit, kan vi fremsætte antagelser om, hvordan forvaltningsstrategier som f.eks. sædskifte eller kvælstofgødskning påvirker den mikrobielle ammoniakoxidation.
Den molekylærbiologiske kapacitet er ny for USDA-ARS’s mikrobiologiprogram på Pendleton og omfatter i øjeblikket DNA/RNA-ekstraktion, gelelektroforese, PCR (polymerasekædereaktion), kvantitativ PCR, T-RFLP (til bestemmelse af ændringer i mikrobiel diversitet, terminal restriktionsfragmentlængdepolymorfi), DNA-sekventering og DNA/RNA-kvantificering ved hjælp af fluorescens eller en Bioanalyzer.