Og selv om Sophia kom frem fra skyggerne under de dynastiske kampe i 1682, kan hendes tidligere påvirkninger være med til at forklare hendes opstigning til regentembedet. Ved det tidligere regentskifte i 1676 kan Sophia have handlet i sin bror Fjodor’s interesse, da der findes forskellige rygter om, at hun dengang bønfaldt sin far, den døende zar Alexis, om ikke at udråbe Peter til sin arving. Der blev sat spørgsmålstegn ved Feodor’s evne til at lede Rusland på grund af hans svage natur og dårlige helbred. Hans mentale evner udviklede sig dog ganske pænt med tiden, da han blev undervist af Simeon Polotsky. Under Fjodor III’s korte regeringstid (1676-1682), hævder mange historikere, at Fjodor faktisk “regerede under protektorat af hans søster Sophias protektorat”. Efterhånden som den unge zar Feodors helbred begyndte at forfalde, rejste flere personer sig for at rådgive ham, og Sophia oplevede, at hendes indflydelse blev stadigt mindre. Hun benyttede sig af et hof, der aldrig var åbent for en kvinde i hendes situation, og udnyttede sine forbindelser, skaffede sig allierede og planlagde formelt at sikre sig tronen. Da Feodor døde (7. maj 1682), vendte Sophia straks tilbage til den politiske scene. Hun deltog i sin brors begravelse og forårsagede en del postyr, mens hun gjorde det. På Sophias tid blev tsarens kvindelige slægtninge holdt væk fra hoffet og andre politiske sfærer, og begravelser fandt traditionelt sted uden kvinder. Sophia stormede ind til begravelsen, insisterede på sin tilstedeværelse og satte samtidig en kæde af begivenheder i gang, der skulle resultere i hendes regentperiode.
Miloslavskij-partiet, der var grupperet omkring Fjodor og Sophias familie, benyttede Streltsy-opstanden (25. maj 1682) til at placere Sophia på magtens sæde. Zar Alexis havde efterladt sig to familier ved sine to hustruer, og hver af de to grene kunne prale af mindst én mandlig arving. Da klanerne fra Alexis’ to hustruer var i konflikt, udtænkte Sophia en plan for at sikre sig selv og sin familie magten. Ved at fremme sin helbror Ivans sag som den legitime arving til tronen forsøgte Sophia at overbevise patriarken og bojarerne om, at de skulle omgøre deres nylige beslutning om at krone Peter. Hun insisterede på, at Peters proklamation brød de monarkiske love ved at springe over hendes bror, som ville have været den næste i rækken til at regere, hvis det ikke havde været for hans uduelighed, og hun foreslog en delt krone med Ivan og hende selv. Da hoffet hurtigt og enstemmigt afviste dette forslag, henvendte Sophia sig til de modløse militærtropper, streltsy, for at få deres hjælp og støtte. Den uretfærdige afvisning af Ivans rettigheder virkede som en katalysator for de i forvejen utilfredse og frustrerede tropper. Flere problemer, herunder nådesløse motivationstaktikker og manglende hvile, fik streltsy’en til at gøre voldelig modstand mod det “uretfærdige” valg af Peter. Da kampene ophørte, og Peters liv blev efterladt for evigt mærket af det blod, der blev spildt af hans Naryshkin-slægtninge, fik streltsyerne opfyldt deres oprindelige krav. 25. juni 1682 kronede patriarken Ioakim i kølvandet på streltsy-oprøret den inkompetente Ivan som senior-zar (Ivan V) og Peter, der kun var ni år gammel, som junior-zar. Sophia var blevet anset for at være det eneste intellektuelt modne medlem af den herskende familie på tidspunktet for Fjodor’s død, hvilket gjorde hende til favorit til at regere på vegne af den lille Peter og den uduelige Ivan. Ved hjælp af den politiske og praktiske viden, som hun havde erhvervet ved Fjodor, overbeviste Sophia adelsmændene og patriarken om, at hun var i stand til at regere Rusland. Som Sophia havde arrangeret før zar Fjodor døde, blev Vasilij Golitsyn indsat som de facto regeringschef og gennemførte de fleste af de politikker, der blev ført under hendes regentperiode.